Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002662`

染色体: Chr07 坐标: 25833700-25834362 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002662`
名称	SmilChr07G002662
描述	uncharacterized SmilChr07G002662
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	25833700 - 25834362 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994015`
GeneID	`130994015`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994015`
原始查询	`SmilChr07G002662`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT4G29090` (AT4G29090) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=24.4; qcov=0.895; evalue=4.59e-14; confidence=weak
Rice	`Os01g0930300` - identity=24.8; qcov=0.955; evalue=2.91e-09; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994015

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057775034.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057775034.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057775034.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775034.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775034.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:25833705`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	27	B11,B12,B125,B126,B132,B136,B17,B20,B27,B43,B52,B64,B66,B72,B9,B99,C32,C38,C45,C46,C52,C64,C67,C68,C69,C83,C9
`Chr7:25833739`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C13,C37,C83
`Chr7:25833748`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	A21,B35,B52,B84,B95,C61
`Chr7:25833750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr7:25833797`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr7:25833809`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr7:25833846`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	B125,B126,B132,B136,B20,B27,B64,C32,C46,C50,C64,C68
`Chr7:25833864`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr7:25833868`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A21,B101,B132,B26,B81,C65,D8
`Chr7:25833875`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C13,C37,C83,D6
`Chr7:25833876`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A10,B7
`Chr7:25833876`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775034.1

220 aa

110

220

RVT_3

PF13456 RVT_3 70-192 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775034.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	70	192	4.2e-16	59.7	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919051.1
ATGTTACTCTGGCAAATCTGGAAGGATGGAAATGGTAAGGTCTGGAACAATAAGTCTCCTGTCCCGGCGGCTTCGGTTATGGCAGCAGCCTCGACGTGGGCCGAGTGGAGTTCGGTGCGAGCTTCTGCTACTCGTTCTAACCCCCAGCAGATCGCTAAGGCTGTCTGTCTTGGCTGGCATCCCCTTCCTCCAGGTGCTATTCAGTGTAATGTTGATGTCGCCTTTTTTGCTGAGGATAAGACGATGGGTTTAGGAATGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994015
ATGTTACTCTGGCAAATCTGGAAGGATGGAAATGGTAAGGTCTGGAACAATAAGTCTCCTGTCCCGGCGGCTTCGGTTATGGCAGCAGCCTCGACGTGGGCCGAGTGGAGTTCGGTGCGAGCTTCTGCTACTCGTTCTAACCCCCAGCAGATCGCTAAGGCTGTCTGTCTTGGCTGGCATCCCCTTCCTCCAGGTGCTATTCAGTGTAATGTTGATGTCGCCTTTTTTGCTGAGGATAAGACGATGGGTTTAGGAATGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775034.1
MLLWQIWKDGNGKVWNNKSPVPAASVMAAASTWAEWSSVRASATRSNPQQIAKAVCLGWHPLPPGAIQCNVDVAFFAEDKTMGLGMVVRNHHGEFVVGRSIILPGCRSVEEGELIGIKEALSWIKELGFLKGVLESDCKRACDAIGSTERSISELGVLASLCRAKLVLVPDLSVRFVKREYNAIAHCLAKAARDFTSHHVWTEPPVFVAGLFHIPCSCEQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器