Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002679

染色体: Chr07 坐标: 26191744-26199892 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002679
名称SmilChr07G002679
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05670, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向26191744 - 26199892 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995688
GeneID130995688
locus_tag-
NCBI NameLOC130995688
原始查询SmilChr07G002679

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05670, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05670%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G05670 (AT1G05670)
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837074]
identity=55.1; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0513200 (P0580A11.136)
-
identity=44.1; qcov=0.842; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995688

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057777058.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777058.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777058.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777058.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777058.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:26193010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B84,C59,C82
Chr7:26193397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr7:26194252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,C14
Chr7:26194564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C21
Chr7:26194662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,B87
Chr7:26194685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:26194770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C13,C27,C32,C68,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777058.1
733 aa
N
1
366
733
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
TPR_24
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF01535 PPR 181-203 aa PF13812 PPR_3 229-290 aa PF13041 PPR_2 242-290 aa PF01535 PPR 244-274 aa PF13812 PPR_3 267-322 aa PF12854 PPR_1 272-294 aa PF13041 PPR_2 276-320 aa PF01535 PPR 279-309 aa PF17177 PPR_long 303-401 aa PF12854 PPR_1 307-340 aa PF13041 PPR_2 311-360 aa PF01535 PPR 314-344 aa PF13812 PPR_3 334-394 aa PF12854 PPR_1 343-375 aa PF13041 PPR_2 346-390 aa PF01535 PPR 349-379 aa PF13812 PPR_3 370-427 aa PF12854 PPR_1 378-408 aa PF13041 PPR_2 381-419 aa PF01535 PPR 385-414 aa PF13812 PPR_3 406-460 aa PF23276 TPR_24 411-513 aa PF12854 PPR_1 412-444 aa PF13041 PPR_2 416-465 aa PF01535 PPR 420-447 aa PF13812 PPR_3 440-496 aa PF12854 PPR_1 448-478 aa PF13041 PPR_2 451-500 aa PF01535 PPR 454-484 aa PF17177 PPR_long 466-601 aa PF13812 PPR_3 475-515 aa PF12854 PPR_1 482-515 aa PF13041 PPR_2 487-535 aa PF01535 PPR 489-519 aa PF13812 PPR_3 509-566 aa PF12854 PPR_1 518-549 aa PF01535 PPR 524-554 aa PF13041 PPR_2 524-569 aa PF12854 PPR_1 552-581 aa PF13041 PPR_2 558-604 aa PF01535 PPR 559-582 aa PF13041 PPR_2 591-640 aa PF12854 PPR_1 623-655 aa PF01535 PPR 630-658 aa PF13041 PPR_2 630-673 aa PF13812 PPR_3 652-695 aa PF12854 PPR_1 657-690 aa PF13041 PPR_2 663-704 aa PF01535 PPR 665-694 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777058.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 181 203 1.3e-109 351.7 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 229 290 7.2e-69 228.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777058.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 242 290 2.5e-171 556.5 PPR repeat family
XP_057777058.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 244 274 1.3e-109 351.7 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 267 322 7.2e-69 228.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777058.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 272 294 6.2e-135 439.3 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 276 320 2.5e-171 556.5 PPR repeat family
XP_057777058.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 279 309 1.3e-109 351.7 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 303 401 1.6e-38 132.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057777058.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 307 340 6.2e-135 439.3 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 311 360 2.5e-171 556.5 PPR repeat family
XP_057777058.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 314 344 1.3e-109 351.7 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 334 394 7.2e-69 228.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777058.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 343 375 6.2e-135 439.3 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 346 390 2.5e-171 556.5 PPR repeat family
XP_057777058.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 349 379 1.3e-109 351.7 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 370 427 7.2e-69 228.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777058.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 378 408 6.2e-135 439.3 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 381 419 2.5e-171 556.5 PPR repeat family
XP_057777058.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 385 414 1.3e-109 351.7 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 406 460 7.2e-69 228.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777058.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 411 513 4e-39 134.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057777058.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 412 444 6.2e-135 439.3 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 416 465 2.5e-171 556.5 PPR repeat family
XP_057777058.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 420 447 1.3e-109 351.7 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 440 496 7.2e-69 228.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777058.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 448 478 6.2e-135 439.3 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 451 500 2.5e-171 556.5 PPR repeat family
XP_057777058.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 454 484 1.3e-109 351.7 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 466 601 1.6e-38 132.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057777058.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 475 515 7.2e-69 228.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777058.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 482 515 6.2e-135 439.3 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 487 535 2.5e-171 556.5 PPR repeat family
XP_057777058.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 489 519 1.3e-109 351.7 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 509 566 7.2e-69 228.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777058.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 518 549 6.2e-135 439.3 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 524 554 1.3e-109 351.7 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 524 569 2.5e-171 556.5 PPR repeat family
XP_057777058.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 552 581 6.2e-135 439.3 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 558 604 2.5e-171 556.5 PPR repeat family
XP_057777058.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 559 582 1.3e-109 351.7 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 591 640 2.5e-171 556.5 PPR repeat family
XP_057777058.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 623 655 6.2e-135 439.3 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 630 658 1.3e-109 351.7 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 630 673 2.5e-171 556.5 PPR repeat family
XP_057777058.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 652 695 7.2e-69 228.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777058.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 657 690 6.2e-135 439.3 PPR repeat
XP_057777058.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 663 704 2.5e-171 556.5 PPR repeat family
XP_057777058.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 665 694 1.3e-109 351.7 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921075.1
TCACAAAACGCGTTCGCGTTGGACTTTTGATCATATATATGTATCGATTTTGATGAGCTGAGGCTTATCTTTTATTTTTTCAGTCCAACTTTCTCTGTTGAAATTTCCACTTTTCTTTATGTTTTCCTCCGAGGAAATTGAGGAGAATTTGCATTGCCAATATCTATTTTGTGCTATGCAGGATTGAAGATTTTCAGTTATGGGGCATTTATCTTCTGGTGTGATTAAATTTTTTGGAGGTTCAAGCCTCTGTAGTTAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995688
ATGAAGAGGAGCCCCATCATACTTTCTTGTTGTCTACAGCCAAGTTCGAGTAGAGGTCATCTCTCATTCACATGCTTTTCAAGTTTTTCTCTGTCGGGGTCATCTGGTCAGCGATCTTTTCCCAATTATTCACCAAAAAAACCTTCTATAAAAGATTCTGAGTTTGTCCGCCATATCTCAAGTATCCTCAAGCAACGCTGCTATGAGCCCCTTCGACAAATTCTGAGGTCCTTTGAGACCAGATTCAGGCCCGACCATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777058.1
MKRSPIILSCCLQPSSSRGHLSFTCFSSFSLSGSSGQRSFPNYSPKKPSIKDSEFVRHISSILKQRCYEPLRQILRSFETRFRPDHLVWVLMEIRNDYRLVINLFNWSYMRRYPSLEARCIIIHLAVAANDLNTAQKLFHEFWTSPRTDGNTSVSQFLEKIIYTYKDWGSTPYVFDIFFQVLTEIGHLEDARQLFEKMLNYGVLLSRDSCNLFLARVSKDIGGPLMSLKVFQEFSEVGINWNTVSYNIVIHSLCQLRKTR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器