当前解析结果
SmilChr07G002686| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002686 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002686 |
| 描述 | glutathione S-transferase U17-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 26251981 - 26253459 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995702 |
|---|---|
| GeneID | 130995702 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995702 |
| 原始查询 | SmilChr07G002686 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase U17-like |
| 产物 | glutathione S-transferase U17-like |
| Arabidopsis | AT1G10370 (ERD9)Glutathione S-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837576] identity=55.2; qcov=0.969; evalue=3.91e-86; confidence=high |
| Rice | Os10g0525800 (OsGSTU31)- identity=50.7; qcov=0.908; evalue=4.82e-72; confidence=high |
| GO | GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process) |
| KEGG | smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00043 (GST_C); PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995702 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057777076.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057777076.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777076.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777076.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777076.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:26252600 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B64,C15,C19,C21,C31 |
Chr7:26252732 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr7:26252778 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr7:26252786 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B64,C19,C31 |
Chr7:26252811 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B117,B68,C48 |
Chr7:26252947 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr7:26252960 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr7:26252974 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C15,C21 |
Chr7:26253150 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B127,B64,C19,C31 |
Chr7:26253256 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C27,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777076.1PF02798
GST_N 5-76 aa
PF13409
GST_N_2 13-77 aa
PF13417
GST_N_3 13-80 aa
PF00043
GST_C 99-199 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777076.1 |
Pfam | PF02798 |
GST_N | Domain | 5 | 76 | 4e-16 | 59.8 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057777076.1 |
Pfam | PF13409 |
GST_N_2 | Domain | 13 | 77 | 1.5e-11 | 45.4 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057777076.1 |
Pfam | PF13417 |
GST_N_3 | Domain | 13 | 80 | 1.2e-13 | 51.8 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057777076.1 |
Pfam | PF00043 |
GST_C | Domain | 99 | 199 | 2.9e-05 | 24.9 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。