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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002688

染色体: Chr07 坐标: 26253575-26254937 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002688
名称SmilChr07G002688
描述glutathione S-transferase U17-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向26253575 - 26254937 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995699
GeneID130995699
locus_tag-
NCBI NameLOC130995699
原始查询SmilChr07G002688

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase U17-like
产物glutathione S-transferase U17-like
ArabidopsisAT1G10370 (ERD9)
Glutathione S-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837576]
identity=56; qcov=0.911; evalue=1.96e-79; confidence=high
RiceOs10g0525800 (OsGSTU31)
-
identity=51.8; qcov=0.928; evalue=2.57e-69; confidence=high
GOGO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process)
KEGGsmil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995699

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057777072.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777072.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777072.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777072.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777072.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:26253948 AGT A 2bp_deletion frameshift_variant 23 A20,A6,B1,B108,B119,B12,B125,B136,B137,B139,B20,B76,B90,B92,C1,C21,C31,C4,C60,C77,C83,D11,D5
Chr7:26253961 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 7 A23,B15,B50,B52,B86,C17,C51
Chr7:26254012 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 20 A20,B100,B112,B126,B2,B26,B27,B38,B4,B63,B84,B86,B91,C10,C31,C68,C83,C86,D5,D9
Chr7:26254014 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 9 B112,B126,B27,B91,C10,C68,C83,D5,D9
Chr7:26254184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,C49,C85,D5
Chr7:26254198 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,C49,D5
Chr7:26254392 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:26254596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B86,C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777072.1
237 aa
N
1
118
237
GST_N
GST_N_3
GST_N_2
C
PF02798 GST_N 12-84 aa PF13417 GST_N_3 15-85 aa PF13409 GST_N_2 21-84 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777072.1 Pfam PF02798 GST_N Domain 12 84 9.9e-18 65.0 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057777072.1 Pfam PF13417 GST_N_3 Domain 15 85 1.3e-17 64.6 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057777072.1 Pfam PF13409 GST_N_2 Domain 21 84 6.7e-14 53.0 Glutathione S-transferase, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921089.1
ATAATTTTCATCTAATCCAAATGCTATAGTGCAGATTTAATAATGTACGTCCTGTAGTGTATTGGCATCAAGAATGTGCCACTTATGGACTAATCTCAAGATAATAATAAAATGAAAAAGAATCTCACCATTAAACAATTCTTTTGAATGAACAGAAAAGTTCACAAAAGAGGACGAGTGAAGTAGGTGGTTTAGTATGAAATTATTGGTCTAATCATGCAACTTACTTTAAGAGATTTGTTTTGATCTTCATTGGCTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995699
ATGAGTGTAGCATCAGCTATGGCAACAGGTGGCAGTGTAAAGCTTTTTGGAGGGCCGGTGAGCCCATATGTCAACAGGGTTGTGATGGCGCTTGAGATGAAATCTGTCGAGTACGAGTTAGTAGAAATGTATCCACACCAAAAACCCGAGCTTCTCAGCAAAATCAATCCCGTCCACAAGAAAATCCCGGTGCTTGTTCATGGTGATAGGCCAATCTGTGAGTCTCTCATCATTGTTCAGTATATTGATGAAGCATGGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777072.1
MSVASAMATGGSVKLFGGPVSPYVNRVVMALEMKSVEYELVEMYPHQKPELLSKINPVHKKIPVLVHGDRPICESLIIVQYIDEAWTNGPSILPTDPYDRAIARFWAAFVDDKFFPLLRQMREADGEEAKMLVFEKVVEASLLLEEAFINCSKGKAFFGGDNVGYLDIALGSFVGHLRAMEMMNAAYKVLDETKTPRLAAWAERLYSDSLVKDVMLDPQELAERLKKFHAMSKPDSN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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