当前解析结果
SmilChr07G002690| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002690 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002690 |
| 描述 | glutathione S-transferase U17-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 26256398 - 26257794 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995701 |
|---|---|
| GeneID | 130995701 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995701 |
| 原始查询 | SmilChr07G002690 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase U17-like |
| 产物 | glutathione S-transferase U17-like |
| Arabidopsis | AT1G10370 (ERD9)Glutathione S-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837576] identity=52.9; qcov=0.965; evalue=5.35e-77; confidence=high |
| Rice | Os10g0528400 (OsGSTU3)- identity=46.7; qcov=0.983; evalue=4.67e-66; confidence=high |
| GO | GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process) |
| KEGG | smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995701 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057777075.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777075.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777075.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777075.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057777075.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:26256923 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 71 | A11,A13,A14,A15,A16,A6,B1,B100,B102,B110,B111,B115,B125,B126,B135,B136,B139,B16,B17,B19,B2,B23,B24,B25,B3,B32,B34,B38,B39,B40,B41,B46,B5,B54,B57,B61,B62,B66,B74,B75,B84,B87,B88,B9,C19,C2,C22,C28,C30,C32,C33,C34,C39,C41,C42,C46,C49,C6,C64,C66,C68,C70,C73,C75,C79,C8,C80,C82,C83,D2,D9 |
Chr7:26257146 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C84,D3 |
Chr7:26257322 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B100,B73,C57,D10,D4 |
Chr7:26257327 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:26257557 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C18 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777075.1PF02798
GST_N 5-77 aa
PF13417
GST_N_3 8-78 aa
PF13409
GST_N_2 14-77 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777075.1 |
Pfam | PF02798 |
GST_N | Domain | 5 | 77 | 1.5e-17 | 64.4 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057777075.1 |
Pfam | PF13417 |
GST_N_3 | Domain | 8 | 78 | 2.3e-16 | 60.6 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057777075.1 |
Pfam | PF13409 |
GST_N_2 | Domain | 14 | 77 | 3.6e-12 | 47.4 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。