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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002696

染色体: Chr07 坐标: 26310391-26312877 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002696
名称SmilChr07G002696
描述uncharacterized SmilChr07G002696
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向26310391 - 26312877 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995708
GeneID130995708
locus_tag-
NCBI NameLOC130995708
原始查询SmilChr07G002696

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNAJ heat shock family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837574]; symbol=AT1G10350; hit=AT1G10350; species=arabidopsis; confidence=high
产物DNAJ heat shock family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837574]; symbol=AT1G10350; hit=AT1G10350; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G10350 (AT1G10350)
DNAJ heat shock family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837574]
identity=55.8; qcov=1.12; evalue=2.25e-132; confidence=high
RiceOs05g0562300 (OsDjB7)
-
identity=50.5; qcov=1.17; evalue=8.04e-118; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding)
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ); PF01556 (DnaJ_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995708

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057777084.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057777084.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057777084.1
4 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 0.20000 XP_057777084.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777084.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:26311147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:26311231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr7:26311336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777084.1
310 aa
N
1
155
310
DnaJ
DnaJ_C
C
PF00226 DnaJ 4-67 aa PF01556 DnaJ_C 132-290 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777084.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 4 67 2.3e-26 92.4 DnaJ domain
XP_057777084.1 Pfam PF01556 DnaJ_C Domain 132 290 3.6e-41 141.5 DnaJ C terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921101.1
TTCTAAATTATAAATGAAGATCAGCATCTTTTTTTTATCATTCATAATAAAAATTACTGCAAAAGCCTTAAAAACTGCTGGTAAGTTACATCTTCGAATAAATAAGAAAACCCAGGAAATGTAATTAGGCAGATAAAACGTTAATGCTTTTTGTGTTTAAAAAGAAAGAAGAAAGAAAGGAACAGCTTTCTTGTTTTCATCAAATTTCTTAAATTCTTATGCTAGTATTGTACTATTATATGATGAAGTAATTGTAAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995708
ATGGGTGTCGATTATTACAATATTCTGAAGGTTTCGAGGAATGCAGCTGAAGAGGATTTGAAGAAATCGTACAAGAAATTGGCGATGAAGTGGCATCCGGACAAGAATGCGGTGAACACTAAGGAAGCGGAGGCGAAATTCAAGCAGATTAGCGAGGCGTACGATGTGCTGAGCGATCCGCAGAAGCGGCAGATCTACGATGTGTACGGTGAGGAAGGGCTGAAATCCAGTGTTTATCCGCCGCCGCCGCCGAGTTCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777084.1
MGVDYYNILKVSRNAAEEDLKKSYKKLAMKWHPDKNAVNTKEAEAKFKQISEAYDVLSDPQKRQIYDVYGEEGLKSSVYPPPPPSSKERDAGGGRRFKFSPRDPEVIFEEFFWGSDVGQGKSGGRLKKAASMETKLSCSLEELYKGSRRKMQIARVVLDESGKAVTVEEVLAINIKPGWKKGTKITFPEKGNHEAGATPGDLIFVIDEKPHPIFKRDGNDLLINHSISLLDALTCKTLNITTLDGRDLPLKVSGVIKPGQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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