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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002705

染色体: Chr07 坐标: 26416756-26418358 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002705
名称SmilChr07G002705
描述uncharacterized SmilChr07G002705
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向26416756 - 26418358 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995717
GeneID130995717
locus_tag-
NCBI NameLOC130995717
原始查询SmilChr07G002705

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述small multi-drug export protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814789]; symbol=AT2G02590; hit=AT2G02590; species=arabidopsis; confidence=high
产物small multi-drug export protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814789]; symbol=AT2G02590; hit=AT2G02590; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G02590 (AT2G02590)
small multi-drug export protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814789]
identity=55.8; qcov=0.953; evalue=1.73e-96; confidence=high
RiceOs03g0800500 (OSJNBa0052F07.9)
-
identity=65.9; qcov=0.668; evalue=8.38e-96; confidence=high
GOGO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
PfamPF06695 (Sm_multidrug_ex)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995717

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057777096.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057777096.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057777096.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777096.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777096.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:26417135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B99
Chr7:26417319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,C19,C31
Chr7:26417398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:26417988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,C57,D4
Chr7:26418042 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 11 A18,A19,A24,B108,B22,B41,B6,B79,C40,C77,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777096.1
316 aa
N
1
158
316
Sm_multidrug_ex
C
PF06695 Sm_multidrug_ex 151-271 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777096.1 Pfam PF06695 Sm_multidrug_ex Family 151 271 1.5e-36 126.3 Putative small multi-drug export protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921113.1
AACAATGCAAATTCGGTATCCCACATGTGTACCTCGATTAATCCCCTCAAATCTTGTTTCTTATGCCCTACCAATCTCTTTCTAATCCTAATCCTAAAATGGCTTCATCAATCAACACCGAACCCTTGAGTAATCAATGGCTTCTCTTTTATTCCACTACTCCACATCCCTTTCTGCAACATCTCGTTTTAAATGCCACAAGCTCCTACTCTCAGTTCCAAGAACCAACTGGTTTCCACTCCCACGCAAACCGGTTGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995717
ATGGCTTCTCTTTTATTCCACTACTCCACATCCCTTTCTGCAACATCTCGTTTTAAATGCCACAAGCTCCTACTCTCAGTTCCAAGAACCAACTGGTTTCCACTCCCACGCAAACCGGTTGAAAAGCCAGAATCTTTGCTGTCATTTCGAACTTCCCTCCATCCGGGGCGCCCCAGAATCAGTGCTGCAGCAGATGGTTTTCTTGGAAAAATCGCAAAGGACGAATCTTTGTCGGTGTCGGAAGAGAAACCGGTGAAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777096.1
MASLLFHYSTSLSATSRFKCHKLLLSVPRTNWFPLPRKPVEKPESLLSFRTSLHPGRPRISAAADGFLGKIAKDESLSVSEEKPVKFLLWFVVWASVCVGLHALCGDARAAAAADTIRGSGFGVKVANALRASGWPDEAVVFSLATLPVIELRGAIPVGYWLQLHPVFLTVLSILGNMVPVPFIILYLKKVAAFLSGKNEGASRFLEALLDKAKHKAGPVKEFQWLGLMLFVAVPFPGTGAWTGAFIASLLDMPFWPALT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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