当前解析结果
SmilChr07G002705| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002705 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002705 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G002705 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 26416756 - 26418358 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995717 |
|---|---|
| GeneID | 130995717 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995717 |
| 原始查询 | SmilChr07G002705 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | small multi-drug export protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814789]; symbol=AT2G02590; hit=AT2G02590; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | small multi-drug export protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814789]; symbol=AT2G02590; hit=AT2G02590; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G02590 (AT2G02590)small multi-drug export protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814789] identity=55.8; qcov=0.953; evalue=1.73e-96; confidence=high |
| Rice | Os03g0800500 (OSJNBa0052F07.9)- identity=65.9; qcov=0.668; evalue=8.38e-96; confidence=high |
| GO | GO:0009507 (chloroplast) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06695 (Sm_multidrug_ex) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995717 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057777096.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057777096.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.20000 | XP_057777096.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777096.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777096.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:26417135 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,B99 |
Chr7:26417319 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B64,C19,C31 |
Chr7:26417398 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:26417988 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,C57,D4 |
Chr7:26418042 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A18,A19,A24,B108,B22,B41,B6,B79,C40,C77,C81 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777096.1PF06695
Sm_multidrug_ex 151-271 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777096.1 |
Pfam | PF06695 |
Sm_multidrug_ex | Family | 151 | 271 | 1.5e-36 | 126.3 | Putative small multi-drug export protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。