Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002722

染色体: Chr07 坐标: 26706457-26707788 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002722
名称SmilChr07G002722
描述subtilisin-like protease SBT4.3
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向26706457 - 26707788 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995731
GeneID130995731
locus_tag-
NCBI NameLOC130995731
原始查询SmilChr07G002722

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述subtilisin-like protease SBT4.3
产物subtilisin-like protease SBT4.3
ArabidopsisAT5G59190 (AT5G59190)
subtilase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836037]
identity=56.8; qcov=0.845; evalue=8.45e-40; confidence=medium
RiceOs08g0326700 (OsSub55)
-
identity=47.5; qcov=0.824; evalue=1.52e-31; confidence=medium
GOGO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
PfamPF00082 (Peptidase_S8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995731

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057777115.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777115.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777115.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777115.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777115.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:26706817 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 58 A11,A22,A25,B102,B104,B105,B106,B11,B110,B111,B113,B114,B120,B121,B123,B125,B126,B132,B133,B17,B18,B25,B30,B36,B42,B43,B46,B47,B48,B49,B5,B60,B62,B66,B79,B84,B89,B91,B93,C10,C14,C22,C23,C24,C27,C30,C36,C37,C47,C50,C52,C59,C7,C72,C79,C86,C9,D11
Chr7:26706854 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:26706927 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 7 A2,A3,B14,B35,B56,B96,C10
Chr7:26706977 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr7:26707010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C15,C21,C78
Chr7:26707226 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B34
Chr7:26707226 ATT A 2bp_deletion CDS_variant 1 B34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777115.1
148 aa
N
1
74
148
Peptidase_S8
C
PF00082 Peptidase_S8 1-51 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777115.1 Pfam PF00082 Peptidase_S8 Domain 1 51 1.5e-09 38.3 Subtilase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921132.1
GCTGGATCAGTTGTAGCCCTTGATTCGTCTATGCTACAGAATCCGGTTGCTGATGTGTCAATCATTTCTCCTCTTGCAGCATCCGGTTTGAAGGGGCACGGCTTGTACATTGTCCAGCGTTACTTCAACTCGACAAAAAATCCCACAGTGAAGATACTGGGCAGTGAAACAGTGAAAAATCTTGAGGCCCCATTTTGTTGCTGGCTTTTCTTCAAAAGGGCCAAATACCATCATTCTAGATATTCTCTGCTGGTTCTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995731
ATGTCTTGTCCACACGTTGCTGGATCAGCTGCTTATGTAAAATCACTTCATCCCAACTGGTCACCTTCTGCAATCAAATCAGCCCTTATGACAACAGCATGGAAAATGGATTCCAAAAGGGATCCACTGGCAGAGTTTGCCTATGGAGCCGGACACATTGATCCGGTTAAAGCTGTAGACCCCGGCCTCGTGTATGAGAAATCTGAAGAGGATTACTTCAAAATGCTTTGCAGTTTGGGCAATGAAACAGCAGCACTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777115.1
MSCPHVAGSAAYVKSLHPNWSPSAIKSALMTTAWKMDSKRDPLAEFAYGAGHIDPVKAVDPGLVYEKSEEDYFKMLCSLGNETAALIKIFQGNFTCPAGAPMGFLHKDLNYPSMTSRFPSNVETFLPKIHKNGYKCRARKLNIQGDSK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器