当前解析结果
SmilChr07G002727| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002727 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002727 |
| 描述 | WRKY transcription factor 72A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 26733446 - 26736267 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995738 |
|---|---|
| GeneID | 130995738 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995738 |
| 原始查询 | SmilChr07G002727 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | WRKY transcription factor 72A-like |
| 产物 | WRKY transcription factor 72A-like |
| Arabidopsis | AT5G15130 (WRKY72)WRKY DNA-binding protein 72 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831365] identity=37.1; qcov=1.09; evalue=1.43e-62; confidence=medium |
| Rice | Os06g0146250 (OsWRKY73)- identity=36.4; qcov=1.11; evalue=4.84e-63; confidence=medium |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03106 (WRKY) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995738 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057777122.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777122.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777122.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057777122.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057777122.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:26734881 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B21,C26,C71 |
Chr7:26734953 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B99,D10 |
Chr7:26734954 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,B99 |
Chr7:26735057 |
TGA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B76 |
Chr7:26735057 |
TGA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B76 |
Chr7:26735140 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,C11,C69 |
Chr7:26735582 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,B75 |
Chr7:26735799 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B34 |
Chr7:26735833 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr7:26736028 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B14,C77,C83 |
Chr7:26736077 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B86,C17,C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777122.1PF03106
WRKY 177-235 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777122.1 |
Pfam | PF03106 |
WRKY | Domain | 177 | 235 | 2.7e-25 | 89.0 | WRKY DNA -binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。