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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002728`

染色体: Chr07 坐标: 26742323-26744962 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002728`
名称	SmilChr07G002728
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02750
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	26742323 - 26744962 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995739`
GeneID	`130995739`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995739`
原始查询	`SmilChr07G002728`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02750
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02750
Arabidopsis	`AT2G02750` (AT2G02750) Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814804] identity=46.6; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0112000` - identity=31.5; qcov=0.979; evalue=1.46e-89; confidence=low
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995739

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057777123.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777123.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777123.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777123.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057777123.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:26743090`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,D10
`Chr7:26743148`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B21,C26,C71
`Chr7:26743166`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr7:26743180`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr7:26743376`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B21,C26,C71
`Chr7:26743396`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,D10
`Chr7:26743502`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B21,C26,C71
`Chr7:26743626`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B14,C77,C83
`Chr7:26743629`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr7:26743635`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B14,C77,C83
`Chr7:26743667`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B86,C17
`Chr7:26743879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,B107,C19,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777123.1

616 aa

308

616

PPR

PPR_1

PPR_2

PPR

PPR_2

PPR

PPR_3

PPR

E_motif

PF01535 PPR 101-122 aa PF01535 PPR 197-223 aa PF01535 PPR 299-328 aa PF12854 PPR_1 329-360 aa PF13041 PPR_2 333-379 aa PF01535 PPR 336-365 aa PF13041 PPR_2 439-483 aa PF01535 PPR 440-467 aa PF13812 PPR_3 440-482 aa PF01535 PPR 512-532 aa PF20431 E_motif 552-613 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777123.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	101	122	1.3e-58	191.9	PPR repeat
`XP_057777123.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	197	223	1.3e-58	191.9	PPR repeat
`XP_057777123.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	299	328	1.3e-58	191.9	PPR repeat
`XP_057777123.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	329	360	2.6e-34	117.3	PPR repeat
`XP_057777123.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	333	379	1.3e-63	211.6	PPR repeat family
`XP_057777123.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	336	365	1.3e-58	191.9	PPR repeat
`XP_057777123.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	439	483	1.3e-63	211.6	PPR repeat family
`XP_057777123.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	440	467	1.3e-58	191.9	PPR repeat
`XP_057777123.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	440	482	9.6e-19	67.9	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057777123.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	512	532	1.3e-58	191.9	PPR repeat
`XP_057777123.1`	Pfam	`PF20431`	E_motif	Repeat	552	613	5.3e-16	59.3	E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921140.1
AAACTTTAAAATTCTGTGACGCTAGCCTGCCCAAGTCAATCCACCGCGAATAAGTTTTAGTTAGTTAACCCTAAACTAAATTACTACTTTAAAATCTAAAAGAAGGGCGGTAGTTTTTCCGGCAATGCAGTGGACGGCCGCCGACAGCCTATGAGGCAAAAAATAGCACAGCTAGTAAAAGATGGACTCTACAGAGAAGCCATTGCGCTCTACGCGCATAACCACTCCGCCTCCATTCCGCCGACTAATTTCACCTTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995739
ATGAGGCAAAAAATAGCACAGCTAGTAAAAGATGGACTCTACAGAGAAGCCATTGCGCTCTACGCGCATAACCACTCCGCCTCCATTCCGCCGACTAATTTCACCTTTCCCTACATCCTCAAAGCCTGCGCCGCGCTCAAAGCTGTTTCCGGCGCCCAAATGCTCCACGCACACCTCCTCAAATTTGGGTTTACGAATAAGCATACCACTACCGATCTCACCAACACGTATATGAAACTCGGCTTAGTCGACAGTGCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777123.1
MRQKIAQLVKDGLYREAIALYAHNHSASIPPTNFTFPYILKACAALKAVSGAQMLHAHLLKFGFTNKHTTTDLTNTYMKLGLVDSAAKLFDEIPHPSISILNVVISGFFQNGLSEEGFRVFRGSSLHNLKIDSFTVASVLSACENAADGMQLHCLAVKVGVESDDYAATSLMTMYLNCGELGSASSLFQWIEKKGVVFYNAYISGLAQKGFVEMVLRVFKEMVLLSEKLTVATMVSVLSACGTGRCVRFGRQLHGLIVKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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