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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002729

染色体: Chr07 坐标: 26747113-26750249 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002729
名称SmilChr07G002729
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g14390
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向26747113 - 26750249 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995740
GeneID130995740
locus_tag-
NCBI NameLOC130995740
原始查询SmilChr07G002729

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g14390
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g14390
ArabidopsisAT1G14390 (AT1G14390)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838001]
identity=51.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0166700 (P0039H02.137)
-
identity=37.5; qcov=1.05; evalue=2.81e-156; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0016020 (membrane); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995740

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057777124.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777124.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777124.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777124.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777124.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:26747346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C44
Chr7:26747392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr7:26747419 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B97
Chr7:26747443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:26747452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B75
Chr7:26747482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr7:26747837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,C8
Chr7:26748849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C46
Chr7:26748874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B75
Chr7:26749013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C18,C79
Chr7:26749110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777124.1
717 aa
N
1
358
717
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00560 LRR_1 196-218 aa PF00560 LRR_1 220-242 aa PF00069 Pkinase 425-688 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 426-573 aa
XP_057777126.1
716 aa
N
1
358
716
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00560 LRR_1 196-218 aa PF00560 LRR_1 220-242 aa PF00069 Pkinase 425-687 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 426-572 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777124.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 196 218 3.1e-11 41.8 Leucine Rich Repeat
XP_057777124.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 220 242 3.1e-11 41.8 Leucine Rich Repeat
XP_057777124.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 425 688 2e-17 64.2 Protein kinase domain
XP_057777124.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 426 573 2.6e-17 63.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057777126.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 196 218 3.1e-11 41.8 Leucine Rich Repeat
XP_057777126.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 220 242 3.1e-11 41.8 Leucine Rich Repeat
XP_057777126.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 425 687 6.2e-19 69.1 Protein kinase domain
XP_057777126.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 426 572 3.4e-19 69.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921143.1
TATAAGTTATGACTTACCAAAAAAATAATTAAAAAAAGAAAAGAAATAATGAATCTTGTGTGAAAATAAAGAGCTATGACTTGACTCTAGCTTACTTTGGAAATTGTCAGCTTCAGATCTCTGGATGAATATTACTCCATATGAATCCTGTGCATTGAATCATCCTCAACTCCTACCGGTTTTCCTGACGATATTTTTGCCCCCCATTTTGGTCCAGTTTTGTATTTACTAGAGAAATATCATTAATCCTTTTCCATCAT...
XM_057921141.1
CTTACTTTGGAAATTGTCAGCTTCAGATCTCTGGATGAATATTACTCCATATGAATCCTGTGCATTGAATCATCCTCAACTCCTACCGGTTTTCCTGACGATATTTTTGCCCCCCATTTTGGTCCAGTTTTGTATTTACTAGAGAAATATCATTAATCCTTTTCCATCATATACAAGTAGTAGGCAAAAAGTGAAGTCACTTTTCACTCAAAACTTTCTTGCACCTCATTGATTTCAGACAGCCAAGAATCACATTTTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995740
ATGGAGTATTCATGGATTCCGCTGTGTTTGCTTGCTACATTTGTCCTCGTATCGGAAGCACAGTTAGTTCCAACAGAGAGCAGAATCCTATTCCAAATCCAGCAGCTTCTAGAATACCCACAAGCTCTTGAGACATGGAGCAACTGGACCAACTTCTGCTTCCTCCCTCCCACGCCCACCCTCACAATCGTGTGTTCCCAAAATCACGTCACAGAGCTAACCATCGTCGGAAACAGAACCTCCCCTTCCCACGCTCTCTC...
LOC130995740
ATGGAGTATTCATGGATTCCGCTGTGTTTGCTTGCTACATTTGTCCTCGTATCGGAAGCACAGTTAGTTCCAACAGAGAGCAGAATCCTATTCCAAATCCAGCAGCTTCTAGAATACCCACAAGCTCTTGAGACATGGAGCAACTGGACCAACTTCTGCTTCCTCCCTCCCACGCCCACCCTCACAATCGTGTGTTCCCAAAATCACGTCACAGAGCTAACCATCGTCGGAAACAGAACCTCCCCTTCCCACGCTCTCTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777124.1
MEYSWIPLCLLATFVLVSEAQLVPTESRILFQIQQLLEYPQALETWSNWTNFCFLPPTPTLTIVCSQNHVTELTIVGNRTSPSHALSARFSTDSFFTVLTKLPNLQKLSLVSLGLWGPLPPKINRFRSLQVLNISSNFIAGQLPTSVSTYPRLTSLVLRDNLFNGSLPDLSTLTLLQELDLRDNYFGPKFPSLGTNLVFINLANNSLRSEIPQDLNKLYKLQYLDASSNKLVGPIPSFLFSLPLIEHISVAKNQLTGTFP...
XP_057777126.1
MEYSWIPLCLLATFVLVSEAQLVPTESRILFQIQQLLEYPQALETWSNWTNFCFLPPTPTLTIVCSQNHVTELTIVGNRTSPSHALSARFSTDSFFTVLTKLPNLQKLSLVSLGLWGPLPPKINRFRSLQVLNISSNFIAGQLPTSVSTYPRLTSLVLRDNLFNGSLPDLSTLTLLQELDLRDNYFGPKFPSLGTNLVFINLANNSLRSEIPQDLNKLYKLQYLDASSNKLVGPIPSFLFSLPLIEHISVAKNQLTGTFP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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