Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002741`

染色体: Chr07 坐标: 26934749-26936257 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002741`
名称	SmilChr07G002741
描述	uncharacterized SmilChr07G002741
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	26934749 - 26936257 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994023`
GeneID	`130994023`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994023`
原始查询	`SmilChr07G002741`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0278500; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os03g0278500; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os03g0278500` - identity=22.7; qcov=0.237; evalue=3.66e-06; confidence=weak
GO	GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF00076 (RRM_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994023

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057775042.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057775042.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057775042.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057775042.1`
5	P-body	P-body	0.20000	`XP_057775042.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:26934879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,B127
`Chr7:26934892`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr7:26934914`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,B48,C23
`Chr7:26934924`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B32,C49,C50,C58
`Chr7:26934969`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,B91,C18,C33,C85
`Chr7:26935010`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,C26,C70
`Chr7:26935015`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,C11,C54,C75
`Chr7:26935019`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B59
`Chr7:26935019`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B59
`Chr7:26935040`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B48,B97,C76
`Chr7:26935081`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr7:26935086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775042.1

502 aa

251

502

RRM_1

PF00076 RRM_1 56-121 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775042.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	56	121	2.1e-06	28.2	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919059.1
ATGGAGCCTAGAGAGAGCGAGAGAGAGTGGAGAGTGGTGAGAAGAAGAGGGATTGGTCCAAAACATGTCGAGAGAAAACAGGCAAGAAGCTGGAATCGGAGCAGTTTGAATGGGAGGAGAGATTGGAGTTCGAATGAACGTGATGACACTACAACCTTTTTCTTTAACAACATCCCAGAGGATTGCAGCCTTGATTTTCTCAGACGTAAGTTCGAGACGGTTGCGAAGACGGTGGATGTATATAGCCCAAGGAAGAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994023
ATGGAGCCTAGAGAGAGCGAGAGAGAGTGGAGAGTGGTGAGAAGAAGAGGGATTGGTCCAAAACATGTCGAGAGAAAACAGGCAAGAAGCTGGAATCGGAGCAGTTTGAATGGGAGGAGAGATTGGAGTTCGAATGAACGTGATGACACTACAACCTTTTTCTTTAACAACATCCCAGAGGATTGCAGCCTTGATTTTCTCAGACGTAAGTTCGAGACGGTTGCGAAGACGGTGGATGTATATAGCCCAAGGAAGAGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775042.1
MEPRESEREWRVVRRRGIGPKHVERKQARSWNRSSLNGRRDWSSNERDDTTTFFFNNIPEDCSLDFLRRKFETVAKTVDVYSPRKRDLWGRPFGFVRFEKVERSETLLVDLNKLWIGSYKVRVYKPKFQRDYKPKFERVDEKRRNEQNSVKEKKLEQIQPCNMKVYNRHAGVSFKEALTGAKDDKELDDETFQFQTTEEDLVWLNGAFTGYIKSEFLWEEVREEINSECAGCFKLNSLGGNMVLIQSSNEQTTEENLNKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器