Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002745`

染色体: Chr07 坐标: 26973501-26979763 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002745`
名称	SmilChr07G002745
描述	sucrose transport protein SUC3
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	26973501 - 26979763 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995755`
GeneID	`130995755`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995755`
原始查询	`SmilChr07G002745`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sucrose transport protein SUC3
产物	sucrose transport protein SUC3
Arabidopsis	`AT2G02860` (SUT2) sucrose transporter 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814817] identity=72.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0170900` (OsSUT1) - identity=54.5; qcov=0.989; evalue=2.11e-169; confidence=high
GO	GO:0008506 (sucrose:proton symporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF03209 (PUCC); PF07690 (MFS_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995755

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Lysosome	溶酶体	1.00000	`XP_057777142.1`
2	Vesicle	囊泡	1.00000	`XP_057777142.1`
3	Endosome	内体	1.00000	`XP_057777142.1`
4	Endosome membrane	内体膜	1.00000	`XP_057777142.1`
5	Lysosome membrane	溶酶体膜	0.80000	`XP_057777142.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:26975186`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B117,B78
`Chr7:26975186`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B117,B78
`Chr7:26979374`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B106,B16,C23
`Chr7:26979387`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777142.1

595 aa

298

595

MFS_1

PUCC

PF07690 MFS_1 67-537 aa PF03209 PUCC 110-226 aa

XP_057777143.1

458 aa

229

458

MFS_1

PF07690 MFS_1 38-400 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777142.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	67	537	1.1e-19	71.3	Major Facilitator Superfamily
`XP_057777142.1`	Pfam	`PF03209`	PUCC	Family	110	226	2.5e-05	24.2	PUCC protein
`XP_057777143.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	38	400	3e-14	53.4	Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921159.1
AAAATAATGTAATTTACCGTTAATCCTTATAAGGTCGAGTTGGGTTGACCCAGACCCGCTCCAGATCCAGAAACCACAAACTGCACCATCTTCAGCATTAGCAAGCTTCTGCGAAACAGAGCAACACATCTCAACTCCCACAGACCTCGATTACACGCCAAATTTTAACATACTACACACACTTTGCCAACTACGCGCTCAATTTCCACCCTAATCTTCCACAGTCATACTGTGCATAATATTTTCCAAACCCTCAAAAT...

XM_057921160.1
CTTTGTGGTCCAATAACAGGCCTCATGTTTTCCTGGACAGGTTCAACCATGTGTTGGCATATGGAGCGATAAATGCTCTTCCAAGTATGGTAGACGGAGGCCATTTATTTTTGTTGGATCACTGATGATCTCTGTTGCTGTTGTAATAATTGGGTATTCCGCAGACATTGGTTACATGTTAGGGGATACAAAAGAGCATTGCAGCACGTTTAAAGGTACTCGCACCAGGGCAGCTTTCATCTTTGTAATTGGATTTTGGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130995755
ATGGATGCGGTTTCGATCAGAGTGCCGTACAGAAACTTGAAGCAGGAAGTCGAGCTAGTACGCGCCGACGACTGGGAGCATCGCCAGATCCACAATTCATCTTCGCCGTCCGATACCGGAGATTCGCCGCAGGATACTGATCAGCATATTCCGCCGCCGAATAATTGCAGTTTATTGACGCTGATCCTCAGCTGTACGGTCGCCGCCGGTGTACAGTTTGGTTGGGCACTTCAGCTGTCTCTCCTCACTCCTTATGTTCA...

LOC130995755
ATGATCTCTGTTGCTGTTGTAATAATTGGGTATTCCGCAGACATTGGTTACATGTTAGGGGATACAAAAGAGCATTGCAGCACGTTTAAAGGTACTCGCACCAGGGCAGCTTTCATCTTTGTAATTGGATTTTGGATGCTAGACCTTGCGAACAACACTGTGCAGGGTCCTGCTCGAGCTCTCCTGGCTGATTTATCAGGTCCAGATCAGAGAAATTCGGCGAATGCCATATTTTGCTCCTGGATGGCTGTTGGAAACAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057777142.1
MDAVSIRVPYRNLKQEVELVRADDWEHRQIHNSSSPSDTGDSPQDTDQHIPPPNNCSLLTLILSCTVAAGVQFGWALQLSLLTPYVQTLGIGHEFSSFIWLCGPITGLMVQPCVGIWSDKCSSKYGRRRPFIFVGSLMISVAVVIIGYSADIGYMLGDTKEHCSTFKGTRTRAAFIFVIGFWMLDLANNTVQGPARALLADLSGPDQRNSANAIFCSWMAVGNILGFSAGSSGNWHRWFPFLTSRACCEPCANLKAAFLV...

XP_057777143.1
MISVAVVIIGYSADIGYMLGDTKEHCSTFKGTRTRAAFIFVIGFWMLDLANNTVQGPARALLADLSGPDQRNSANAIFCSWMAVGNILGFSAGSSGNWHRWFPFLTSRACCEPCANLKAAFLVAVVFLTLCTLVTLYFAKEVPLTHIQHHLSDSAPLLDDHQINGSDLSKSRVDSESNHHTLENKSEKHYTTGDGGEQKDQNNNEDTFSDSPGAVLVNLLTSLRHLPPAMHSVLIVMALTWLSWFPFFLFDTDWMGREVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器