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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002765

染色体: Chr07 坐标: 27512175-27514043 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002765
名称SmilChr07G002765
描述origin of replication complex subunit 6-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向27512175 - 27514043 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995777
GeneID130995777
locus_tag-
NCBI NameLOC130995777
原始查询SmilChr07G002765

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述origin of replication complex subunit 6-like
产物origin of replication complex subunit 6-like
ArabidopsisAT1G26840 (ORC6)
origin recognition complex protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839227]
identity=63.9; qcov=0.859; evalue=8.29e-130; confidence=high
RiceOs07g0628600 (OsORC6)
-
identity=63.8; qcov=0.899; evalue=9.24e-133; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0005664 (nuclear origin of replication recognition complex); GO:0006260 (DNA replication); GO:0006270 (DNA replication initiation)
KEGG-
PfamPF05460 (ORC6); PF21913 (ORC6_2nd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995777

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777171.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057777171.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057777171.1
4 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.20000 XP_057777171.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777171.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:27513030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B21,B44,C73
Chr7:27513044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B21,B44,C73
Chr7:27513096 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr7:27513473 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 185 A1,A10,A13,A16,A18,A19,A2,A20,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A8,A9,B100,B101,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B113,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B126,B127,B128,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B15,B16,B18,B19,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B3,B31,B32,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B40,B44,B45,B46,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B69,B7,B70,B71,B72,B74,B75,B76,B77,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B9,B90,B92,B96,B97,C11,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C2,C21,C23,C24,C25,C26,C27,C30,C33,C34,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C78,C79,C81,C82,C84,C85,C87,C9,D1,D10,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777171.1
326 aa
N
1
163
326
ORC6
ORC6_2nd
C
PF05460 ORC6 41-129 aa PF21913 ORC6_2nd 132-221 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777171.1 Pfam PF05460 ORC6 Family 41 129 6.5e-24 84.8 Origin recognition complex subunit 6 (ORC6)
XP_057777171.1 Pfam PF21913 ORC6_2nd Domain 132 221 5.5e-34 117.3 ORC6 second cyclin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921188.1
TCTGCATTTTCAATTTTCATTTTTCCACCGCGCGCGCCAATGCCATTAATCCTTGATAACAAAATAAAAATTCACAGCAAAGCCCACCATATTTCAACTGAGATTGGATCTTTCTCCAACAAAAACCATCAACAAGTTTCATCTGTTCAGAAAATGGATATGTCAGAGATAGCTGCGAAATTAGGCCTCTCTCAATCCAAATACGTCGTCCGTAAGGCCGCCGAACTCCGCCGCCTCGCCGACATCCAGTTCGATTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995777
ATGCCATTAATCCTTGATAACAAAATAAAAATTCACAGCAAAGCCCACCATATTTCAACTGAGATTGGATCTTTCTCCAACAAAAACCATCAACAAGTTTCATCTGTTCAGAAAATGGATATGTCAGAGATAGCTGCGAAATTAGGCCTCTCTCAATCCAAATACGTCGTCCGTAAGGCCGCCGAACTCCGCCGCCTCGCCGACATCCAGTTCGATTCCTCCATAATCGGCGTCGGTGAGATTTGCAAGGCCGTAATTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777171.1
MPLILDNKIKIHSKAHHISTEIGSFSNKNHQQVSSVQKMDMSEIAAKLGLSQSKYVVRKAAELRRLADIQFDSSIIGVGEICKAVICLEIAASRMEVLFDRHAAIKLSGVSEKAYNRSFNAMQNGIGVKNKLDVRELAIQFGCVRLIPFVHKGLSLYKDRFLASLPPSRRGGTDFNRPVFTAVAFYLCAKRHKLKADKFKLIELAGTSESEFSSVSTSMLDLCFDVFGIAKEKKDARKIKGNRELIDALPEKRRLEDGGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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