当前解析结果
SmilChr07G002765| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002765 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002765 |
| 描述 | origin of replication complex subunit 6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 27512175 - 27514043 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995777 |
|---|---|
| GeneID | 130995777 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995777 |
| 原始查询 | SmilChr07G002765 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | origin of replication complex subunit 6-like |
| 产物 | origin of replication complex subunit 6-like |
| Arabidopsis | AT1G26840 (ORC6)origin recognition complex protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839227] identity=63.9; qcov=0.859; evalue=8.29e-130; confidence=high |
| Rice | Os07g0628600 (OsORC6)- identity=63.8; qcov=0.899; evalue=9.24e-133; confidence=high |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0005664 (nuclear origin of replication recognition complex); GO:0006260 (DNA replication); GO:0006270 (DNA replication initiation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05460 (ORC6); PF21913 (ORC6_2nd) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995777 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057777171.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.80000 | XP_057777171.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057777171.1 |
| 4 | Nucleolar fibrillar center | Nucleolar fibrillar center | 0.20000 | XP_057777171.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777171.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:27513030 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B137,B21,B44,C73 |
Chr7:27513044 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B137,B21,B44,C73 |
Chr7:27513096 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr7:27513473 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 185 | A1,A10,A13,A16,A18,A19,A2,A20,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A8,A9,B100,B101,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B113,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B126,B127,B128,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B15,B16,B18,B19,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B3,B31,B32,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B40,B44,B45,B46,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B69,B7,B70,B71,B72,B74,B75,B76,B77,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B9,B90,B92,B96,B97,C11,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C2,C21,C23,C24,C25,C26,C27,C30,C33,C34,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C78,C79,C81,C82,C84,C85,C87,C9,D1,D10,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777171.1PF05460
ORC6 41-129 aa
PF21913
ORC6_2nd 132-221 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777171.1 |
Pfam | PF05460 |
ORC6 | Family | 41 | 129 | 6.5e-24 | 84.8 | Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) |
XP_057777171.1 |
Pfam | PF21913 |
ORC6_2nd | Domain | 132 | 221 | 5.5e-34 | 117.3 | ORC6 second cyclin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。