Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002769`

染色体: Chr07 坐标: 27557663-27560015 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002769`
名称	SmilChr07G002769
描述	uncharacterized SmilChr07G002769
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	27557663 - 27560015 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995781`
GeneID	`130995781`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995781`
原始查询	`SmilChr07G002769`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03004 (Transposase_24)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995781

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057777177.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057777177.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777177.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777177.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057777177.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:27559077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B71,C24
`Chr7:27559077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C24
`Chr7:27559115`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	34	A14,A21,A23,B102,B105,B109,B121,B129,B131,B133,B18,B20,B21,B31,B39,B48,B53,B59,B6,B66,B85,B95,C22,C28,C33,C43,C54,C58,C67,C69,C76,C84,C9,D8
`Chr7:27559119`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	16	A20,B106,B109,B2,B30,B34,B36,B65,B74,B77,C12,C15,C51,C54,D1,D6
`Chr7:27559131`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr7:27559136`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:27559143`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr7:27559148`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,B97
`Chr7:27559152`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B56,B72,B73,B96,C83
`Chr7:27559210`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr7:27559300`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr7:27559306`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B38,B39,B52,B7,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777177.1

227 aa

114

227

Transposase_24

PF03004 Transposase_24 3-141 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777177.1`	Pfam	`PF03004`	Transposase_24	Family	3	141	6.2e-16	59.5	Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921194.1
AGCGCCAGATTTCTTTCTCCCTTCTCTCCACTTCTTTTTCCCTAAAATCCTAAATCCCTAAATTAATGGTGAACCCTACCGCCTCTAGCCACCCCATCGCCGTCCATTGCCTTCGCCGTTTACCGTCCTCCGCCTCCACCGGCTACTGCCGCTGAGGAACACCTTCGCAGCCCGCGCCGTCCGCCTTTACCTCCGCAACGTCTGCAATCTACAATTCAAGGCCATGGGAGATATCTACGAGAAGAAGAACCGAAAGCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995781
ATGAGGCAGAATGTGTGGGAAAAGTGGTTAGAATATTGGAACAAGGATGAAGTGAAGGCTAAGGCAGCCAAAGCACAAAAGAATAGGATGTCTGAGCCTGATGGGCCTGGTACTGGTATTTCCATCCATAGAGGAGGGTCGAGAAATGCCCTACAGCATGCTGTAGTACTGAGAGAACAAGGAGTTCCAGCTGAAGAAGTGGACTGGAGTGTCTTCAATGTCTTGCATGCGAAGGCTGGAGAATTCACCTATCCCAGAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777177.1
MRQNVWEKWLEYWNKDEVKAKAAKAQKNRMSEPDGPGTGISIHRGGSRNALQHAVVLREQGVPAEEVDWSVFNVLHAKAGEFTYPRARDAYAQVTAKAAELAQSQSNDGSESQEVDMNRLLLDAVGGVSAKKRVFGIGSRSHAYTSTSRSNQGASFSSQPQLDAVLADKMKEYEAQMQAKMEAREAQIRDEAQAREAQMRADVHAQLQAQQAEFMKMLAEMRNLPPP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器