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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002774

染色体: Chr07 坐标: 27608269-27611916 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002774
名称SmilChr07G002774
描述uncharacterized SmilChr07G002774
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向27608269 - 27611916 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995808
GeneID130995808
locus_tag-
NCBI NameLOC130995808
原始查询SmilChr07G002774

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814825]; symbol=AT2G02960; hit=AT2G02960; species=arabidopsis; confidence=high
产物RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814825]; symbol=AT2G02960; hit=AT2G02960; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G02960 (AT2G02960)
RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814825]
identity=70.6; qcov=0.778; evalue=1.23e-95; confidence=high
RiceOs02g0577100
-
identity=61.3; qcov=0.768; evalue=5.52e-88; confidence=high
GOGO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG-
PfamPF12428 (DUF3675); PF12906 (RINGv)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995808

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057777219.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057777219.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057777219.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777219.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777219.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:27608695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,A18
Chr7:27608706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr7:27609329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C19,C31,C33,C46
Chr7:27610101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777219.1
306 aa
N
1
153
306
RINGv
DUF3675
C
PF12906 RINGv 73-118 aa PF12428 DUF3675 124-244 aa
XP_057777220.1
306 aa
N
1
153
306
RINGv
DUF3675
C
PF12906 RINGv 73-118 aa PF12428 DUF3675 124-244 aa
XP_057777221.1
306 aa
N
1
153
306
RINGv
DUF3675
C
PF12906 RINGv 73-118 aa PF12428 DUF3675 124-244 aa
XP_057777222.1
306 aa
N
1
153
306
RINGv
DUF3675
C
PF12906 RINGv 73-118 aa PF12428 DUF3675 124-244 aa
XP_057777224.1
306 aa
N
1
153
306
RINGv
DUF3675
C
PF12906 RINGv 73-118 aa PF12428 DUF3675 124-244 aa
XP_057777225.1
306 aa
N
1
153
306
RINGv
DUF3675
C
PF12906 RINGv 73-118 aa PF12428 DUF3675 124-244 aa
XP_057777226.1
306 aa
N
1
153
306
RINGv
DUF3675
C
PF12906 RINGv 73-118 aa PF12428 DUF3675 124-244 aa
XP_057777227.1
306 aa
N
1
153
306
RINGv
DUF3675
C
PF12906 RINGv 73-118 aa PF12428 DUF3675 124-244 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777219.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 73 118 6.7e-14 52.5 RING-variant domain
XP_057777219.1 Pfam PF12428 DUF3675 Family 124 244 1.1e-38 133.1 Protein of unknown function (DUF3675)
XP_057777220.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 73 118 6.7e-14 52.5 RING-variant domain
XP_057777220.1 Pfam PF12428 DUF3675 Family 124 244 1.1e-38 133.1 Protein of unknown function (DUF3675)
XP_057777221.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 73 118 6.7e-14 52.5 RING-variant domain
XP_057777221.1 Pfam PF12428 DUF3675 Family 124 244 1.1e-38 133.1 Protein of unknown function (DUF3675)
XP_057777222.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 73 118 6.7e-14 52.5 RING-variant domain
XP_057777222.1 Pfam PF12428 DUF3675 Family 124 244 1.1e-38 133.1 Protein of unknown function (DUF3675)
XP_057777224.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 73 118 6.7e-14 52.5 RING-variant domain
XP_057777224.1 Pfam PF12428 DUF3675 Family 124 244 1.1e-38 133.1 Protein of unknown function (DUF3675)
XP_057777225.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 73 118 6.7e-14 52.5 RING-variant domain
XP_057777225.1 Pfam PF12428 DUF3675 Family 124 244 1.1e-38 133.1 Protein of unknown function (DUF3675)
XP_057777226.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 73 118 6.7e-14 52.5 RING-variant domain
XP_057777226.1 Pfam PF12428 DUF3675 Family 124 244 1.1e-38 133.1 Protein of unknown function (DUF3675)
XP_057777227.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 73 118 6.7e-14 52.5 RING-variant domain
XP_057777227.1 Pfam PF12428 DUF3675 Family 124 244 1.1e-38 133.1 Protein of unknown function (DUF3675)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921243.1
AAACAAACTGCCTTCACCAAATCCAGAATCATCTACTAATCAACTCGGACTATACATACACAACCCGTGCATCTATACATGAAGAAACAAGATTATTTTATCTACACAAAAAATAATTTATTTATTAATAATAAATGAAAAGTAGAGGAAGCCGAGTCCTTATTTTTCAATTGAGTAAATCTTGGGCGATAAGTTGGAATTAGCCAAAGTCATCAAAACAAAAGCCAAAGATTTTTTGTGCTTATTGTTGTTGCTTGAGG...
XM_057921241.1
CACCAAATCCAGAATCATCTACTAATCAACTCGGACTATACATACACAACCCGTGCATCTATACATGAAGAAACAAGATTATTTTATCTACACAAAAAATAATTTATTTATTAATAATAAATGAAAAGTAGAGGAAGCCGAGTCCTTATTTTTCAATTGAGTAAATCTTGGGCGATAAGTTGGAATTAGCCAAAGTCATCAAAACAAAAGCCAAAGTCAAAAGATCAGAGCTTTCTCGTTAAATTGAAAAGGGCATTTAT...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130995808
ATGGCTGAACCTTTGGTGGGGAATGTGAACCAGCCGCCGAAGACTGAGGCGGGTGGGCCGAGCCAGCCGGTTCCCGAGGCTGTGGGATGTGGGCTAAATGGAAAGAAGCCTGAAATGGTGGGTTCCTCATCATCAATGGCAGAAGATAACCAAGTGGCGGTGACAGTTGAGAATGAGGAGGAAGATGAGAATGCACCACTGATTGGGATGGGGGAGTGCCGGATTTGCCAGGAGGAGGATTCTGTAAATAATTTGGAGAG...
LOC130995808
ATGGCTGAACCTTTGGTGGGGAATGTGAACCAGCCGCCGAAGACTGAGGCGGGTGGGCCGAGCCAGCCGGTTCCCGAGGCTGTGGGATGTGGGCTAAATGGAAAGAAGCCTGAAATGGTGGGTTCCTCATCATCAATGGCAGAAGATAACCAAGTGGCGGTGACAGTTGAGAATGAGGAGGAAGATGAGAATGCACCACTGATTGGGATGGGGGAGTGCCGGATTTGCCAGGAGGAGGATTCTGTAAATAATTTGGAGAG...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057777219.1
MAEPLVGNVNQPPKTEAGGPSQPVPEAVGCGLNGKKPEMVGSSSSMAEDNQVAVTVENEEEDENAPLIGMGECRICQEEDSVNNLESPCACSGSLKYAHRKCVQHWCNEKGDITCEICHQQYQPGYTAVPRPQSDETTIDIGGVWQISGAPLDMHDPRLLAIAEAERQFFDAADYDDYNANSSGAAFCRSAALILMALLLLRHALSITDDGDGDGEDDASTFLSLFLLRAVGFLMPCYIMIWAISILQRRRQRQEAAALA...
XP_057777220.1
MAEPLVGNVNQPPKTEAGGPSQPVPEAVGCGLNGKKPEMVGSSSSMAEDNQVAVTVENEEEDENAPLIGMGECRICQEEDSVNNLESPCACSGSLKYAHRKCVQHWCNEKGDITCEICHQQYQPGYTAVPRPQSDETTIDIGGVWQISGAPLDMHDPRLLAIAEAERQFFDAADYDDYNANSSGAAFCRSAALILMALLLLRHALSITDDGDGDGEDDASTFLSLFLLRAVGFLMPCYIMIWAISILQRRRQRQEAAALA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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