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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002800

染色体: Chr07 坐标: 28004683-28007969 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002800
名称SmilChr07G002800
描述KH domain-containing protein HEN4-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28004683 - 28007969 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995796
GeneID130995796
locus_tag-
NCBI NameLOC130995796
原始查询SmilChr07G002800

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述KH domain-containing protein HEN4-like
产物KH domain-containing protein HEN4-like
ArabidopsisAT5G15270 (AT5G15270)
RNA-binding KH domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831379]
identity=52.2; qcov=1.01; evalue=7.1e-169; confidence=high
RiceOs03g0376800
-
identity=52.9; qcov=0.986; evalue=4.61e-158; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0010468 (regulation of gene expression)
KEGG-
PfamPF00013 (KH_1); PF07650 (KH_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995796

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777204.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777204.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777204.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777204.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057777204.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28005336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr7:28005411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C7
Chr7:28005609 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr7:28005832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,B18
Chr7:28006154 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:28006307 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C32,C68
Chr7:28006981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C32,C68
Chr7:28007082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,D9
Chr7:28007325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:28007579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,C16
Chr7:28007582 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 44 A1,A20,A24,A7,B104,B107,B117,B119,B12,B121,B13,B138,B139,B140,B18,B20,B4,B41,B42,B43,B51,B53,B57,B58,B74,B78,B82,B94,C19,C2,C20,C31,C46,C48,C51,C60,C65,C75,C80,C81,D10,D11,D5,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777204.1
519 aa
N
1
260
519
KH_1
KH_1
KH_1
KH_2
KH_1
C
PF00013 KH_1 44-96 aa PF00013 KH_1 139-206 aa PF00013 KH_1 272-322 aa PF07650 KH_2 355-396 aa PF00013 KH_1 356-424 aa
XP_057777205.1
519 aa
N
1
260
519
KH_1
KH_1
KH_1
KH_2
KH_1
C
PF00013 KH_1 44-96 aa PF00013 KH_1 139-206 aa PF00013 KH_1 272-322 aa PF07650 KH_2 355-396 aa PF00013 KH_1 356-424 aa
XP_057777206.1
516 aa
N
1
258
516
KH_1
KH_1
KH_1
KH_2
KH_1
C
PF00013 KH_1 44-96 aa PF00013 KH_1 139-206 aa PF00013 KH_1 272-322 aa PF07650 KH_2 355-396 aa PF00013 KH_1 356-424 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777204.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 44 96 6.3e-56 186.7 KH domain
XP_057777204.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 139 206 6.3e-56 186.7 KH domain
XP_057777204.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 272 322 6.3e-56 186.7 KH domain
XP_057777204.1 Pfam PF07650 KH_2 Domain 355 396 1.7e-14 54.1 KH domain
XP_057777204.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 356 424 6.3e-56 186.7 KH domain
XP_057777205.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 44 96 6.3e-56 186.7 KH domain
XP_057777205.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 139 206 6.3e-56 186.7 KH domain
XP_057777205.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 272 322 6.3e-56 186.7 KH domain
XP_057777205.1 Pfam PF07650 KH_2 Domain 355 396 1.7e-14 54.1 KH domain
XP_057777205.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 356 424 6.3e-56 186.7 KH domain
XP_057777206.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 44 96 6e-56 186.8 KH domain
XP_057777206.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 139 206 6e-56 186.8 KH domain
XP_057777206.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 272 322 6e-56 186.8 KH domain
XP_057777206.1 Pfam PF07650 KH_2 Domain 355 396 1.6e-14 54.1 KH domain
XP_057777206.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 356 424 6e-56 186.8 KH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921221.1
CTAAAATTCCAATAGCCAACAAATTACTTTGATTAAATATTTTTGAATTTTGCTGATATGCCCTTCAACATTTCCAGAGGCGGTTACGTTACACACAAACACAGTCTACTCAGTTCAACATTTGCGCTGCTTAAGAGATTCCTCGGCGAAGCCTCCTGCTTTTCCGAACGTTCACCGTTAAATCTCCGCTTTAGTTAAATTACACTGTGGTACAAATGGGGCAACGAGGTGATTACGGAAGGAGAGGTCATGCACTATCT...
XM_057921223.1
CTAAAATTCCAATAGCCAACAAATTACTTTGATTAAATATTTTTGAATTTTGCTGATATGCCCTTCAACATTTCCAGAGGCGGTTACGTTACACACAAACACAGTCTACTCAGTTCAACATTTGCGCTGCTTAAGAGATTCCTCGGCGAAGCCTCCTGCTTTTCCGAACGTTCACCGTTAAATCTCCGCTTTAGTTAAATTACACTGTGGTACAAATGGGGCAACGAGGTGATTACGGAAGGAGAGGTCATGCACTATCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130995796
ATGGGGCAACGAGGTGATTACGGAAGGAGAGGTCATGCACTATCTGATTATTCTGGAAATGAAGGAGGGAAACGAACAAGTGGGGTTGATGAAAAGGAACAAAATTCGATTGGAATGGAGCATACAGTTTATCGTTATTTATGCCCGTTGAGGAAAATAGGGAGCATTATTGGTATTGGTGGGGATATTGCCAAGCAGCTGAGAGCCCAGACTCATGCAAGGATAAGGATTAGTGAGACCATCCCGGGCTGTGATGAACG...
LOC130995796
ATGGGGCAACGAGGTGATTACGGAAGGAGAGGTCATGCACTATCTGATTATTCTGGAAATGAAGGAGGGAAACGAACAAGTGGGGTTGATGAAAAGGAACAAAATTCGATTGGAATGGAGCATACAGTTTATCGTTATTTATGCCCGTTGAGGAAAATAGGGAGCATTATTGGTATTGGTGGGGATATTGCCAAGCAGCTGAGAGCCCAGACTCATGCAAGGATAAGGATTAGTGAGACCATCCCGGGCTGTGATGAACG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057777204.1
MGQRGDYGRRGHALSDYSGNEGGKRTSGVDEKEQNSIGMEHTVYRYLCPLRKIGSIIGIGGDIAKQLRAQTHARIRISETIPGCDERVVTIYSSSDETNSYGDEQVSAAQDALFRVHDKVVAEEQPMNGTTSEEPLQITVRLLVPSDQIGCVIGKGGHIVQNIRNQTHAQIRILGSEHLPPCALSSDELIQINGEATVVKNALYQIAFRLHDNPSRSQQSILTSPSIYRSGISFNNPNFGGPPLGVTSLMGSYRNYRKDG...
XP_057777205.1
MGQRGDYGRRGHALSDYSGNEGGKRTSGVDEKEQNSIGMEHTVYRYLCPLRKIGSIIGIGGDIAKQLRAQTHARIRISETIPGCDERVVTIYSSSDETNSYGDEQVSAAQDALFRVHDKVVAEEQPMNGTTSEEPLQITVRLLVPSDQIGCVIGKGGHIVQNIRNQTHAQIRILGSEHLPPCALSSDELIQINGEATVVKNALYQIAFRLHDNPSRSQQSILTSPSIYRSGISFNNPNFGGPPLGVTSLMGSYRNYRKDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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