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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002806

染色体: Chr07 坐标: 28073355-28074798 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002806
名称SmilChr07G002806
描述uncharacterized SmilChr07G002806
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28073355 - 28074798 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995830
GeneID130995830
locus_tag-
NCBI NameLOC130995830
原始查询SmilChr07G002806

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs02g0328500
-
identity=25.4; qcov=0.853; evalue=5.89e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995830

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777266.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057777266.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777266.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777266.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777266.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28073630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,C20,C49
Chr7:28073638 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B121,B25,B30,B85
Chr7:28073743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr7:28073789 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 15 A14,A8,B135,B138,B3,B31,B37,B68,B87,B88,C36,C6,C61,C80,C85
Chr7:28073883 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 20 A3,B1,B106,B115,B127,B128,B130,B19,B69,B72,B8,C15,C18,C20,C39,C4,C66,C68,C71,C74
Chr7:28074049 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 57 A10,A15,A18,A23,A3,A9,B1,B104,B106,B107,B112,B115,B121,B123,B128,B129,B130,B140,B18,B2,B24,B26,B34,B35,B38,B39,B4,B46,B51,B52,B53,B60,B63,B69,B72,B73,B86,B98,C15,C17,C20,C21,C28,C38,C39,C4,C49,C50,C61,C64,C66,C68,C7,C71,C8,C81,D9
Chr7:28074087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C68,C81
Chr7:28074094 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B27
Chr7:28074094 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B27
Chr7:28074124 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921283.1
CAATGAGTGCTCGCTACATGGTTTATATTGCCCATTGTAAAATATTTCATTGGCCACTTTGGTTGTTGGTTGTTGTCTTGTTTCATCGTTTGATTCTGGTTTTACAACTGCTTATAATGTGCTTCTCACCCCAAATATAGTGGATTCTGATGTAAATTTTTCTAATATTGTGTGCGGCTGTATGATGGTTAAGTAAGCAGCAGCGACATCGGTCGTGTGAGGGCATCGAAGCCCGACAAGACACGCCGAAGCTGGACGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995830
ATGTTGTTGGCCTCGCTCAAGGAACTCGTTGCTCAAGGTTGGAAGGCCGACAATGGGTTTCGAGCTGGCTATCTTTTGAAACTCGAAGAATCTATGCGCAAAGAATTTGTCGGGACTGACATAAAAGGGATGCCGCATATCAATTCCAAGCTTAGCGCATGGAAAAAAAGCTATAACTCGCTACTTCTGGCCCTCGATGTTAGTGGAGTTGGGTTTAATGCGAAGGGGACGTTCATGTTAGATTGTGACAACGATCAATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777266.1
MLLASLKELVAQGWKADNGFRAGYLLKLEESMRKEFVGTDIKGMPHINSKLSAWKKSYNSLLLALDVSGVGFNAKGTFMLDCDNDQWEMIVKKDSNARLMRFKSWPMFEDWKEVFGKDRANGSNAEDVMEGMHKMYAADSLGE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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