当前解析结果
SmilChr07G002806| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002806 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002806 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G002806 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 28073355 - 28074798 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995830 |
|---|---|
| GeneID | 130995830 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995830 |
| 原始查询 | SmilChr07G002806 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os02g0328500- identity=25.4; qcov=0.853; evalue=5.89e-13; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995830 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057777266.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057777266.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777266.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777266.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057777266.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:28073630 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B106,C20,C49 |
Chr7:28073638 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A7,B121,B25,B30,B85 |
Chr7:28073743 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B81 |
Chr7:28073789 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 15 | A14,A8,B135,B138,B3,B31,B37,B68,B87,B88,C36,C6,C61,C80,C85 |
Chr7:28073883 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 20 | A3,B1,B106,B115,B127,B128,B130,B19,B69,B72,B8,C15,C18,C20,C39,C4,C66,C68,C71,C74 |
Chr7:28074049 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 57 | A10,A15,A18,A23,A3,A9,B1,B104,B106,B107,B112,B115,B121,B123,B128,B129,B130,B140,B18,B2,B24,B26,B34,B35,B38,B39,B4,B46,B51,B52,B53,B60,B63,B69,B72,B73,B86,B98,C15,C17,C20,C21,C28,C38,C39,C4,C49,C50,C61,C64,C66,C68,C7,C71,C8,C81,D9 |
Chr7:28074087 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C68,C81 |
Chr7:28074094 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B27 |
Chr7:28074094 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr7:28074124 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B70,C40 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。