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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002818

染色体: Chr07 坐标: 28232753-28234317 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002818
名称SmilChr07G002818
描述uncharacterized SmilChr07G002818
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28232753 - 28234317 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995803
GeneID130995803
locus_tag-
NCBI NameLOC130995803
原始查询SmilChr07G002818

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Arabinanase/levansucrase/invertase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6241260]; symbol=AT1G26761; hit=AT1G26761; species=arabidopsis; confidence=high
产物Arabinanase/levansucrase/invertase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6241260]; symbol=AT1G26761; hit=AT1G26761; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G26761 (AT1G26761)
Arabinanase/levansucrase/invertase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6241260]
identity=49.8; qcov=1.12; evalue=1.98e-142; confidence=high
RiceOs08g0433300
-
identity=50.6; qcov=0.82; evalue=5.48e-97; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995803

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057777215.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057777215.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777215.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777215.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777215.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28232993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,D9
Chr7:28233250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C38,D9
Chr7:28233331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,C38,D9
Chr7:28233343 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:28233875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C83
Chr7:28234029 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 14 A19,B100,B118,B120,B28,B6,B63,B65,B74,B83,C37,C56,C63,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921232.1
TCCTGCATTTTCCACCAATCTATCTCTTCACGCACCTAACTCTTTGCTGCAGCCATGGAAGCCACAGCAGCATCTCATCACATACCAACTAACTTAACCACCTTAACCGCAAAATTGCCCCCCAAAAAAACCCAATTCCTCAATTTCACTTCTTGCAGCCCCAAAAAGATTACCCTCTTCTGCTCCACAAAACCAAACACCAACAATCAAGAAGCCACAGACGAAACCAACCCGACTTCCGATTCGCACCCGAACTCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995803
ATGGAAGCCACAGCAGCATCTCATCACATACCAACTAACTTAACCACCTTAACCGCAAAATTGCCCCCCAAAAAAACCCAATTCCTCAATTTCACTTCTTGCAGCCCCAAAAAGATTACCCTCTTCTGCTCCACAAAACCAAACACCAACAATCAAGAAGCCACAGACGAAACCAACCCGACTTCCGATTCGCACCCGAACTCAACCATCCAATCAAAATCCGCTCCCATTCCTAGCCTGCAACTTTCTTCAAGTTCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777215.1
MEATAASHHIPTNLTTLTAKLPPKKTQFLNFTSCSPKKITLFCSTKPNTNNQEATDETNPTSDSHPNSTIQSKSAPIPSLQLSSSSSFSRGLIFDLGVKNSWDNLEIGSPVVKRYLGDEEERWYMWYHGRCSELDSVGLAASSNGIHWERGAEGVRSNADVGLVMSNSKDWWAFDTHGVRPCEVVVMSSAKVRTNSAVYWLYYTGFCSTDSPKSLPGLAMSQDGRHWARIEGEHHSGALLDVGAKGEWDSTFIASPQVVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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