当前解析结果
SmilChr07G002822| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002822 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002822 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G002822 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 28276799 - 28283792 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994031 |
|---|---|
| GeneID | 130994031 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994031 |
| 原始查询 | SmilChr07G002822 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0647400; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os03g0647400; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | AT1G14060 (AT1G14060)GCK domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837966] identity=66.1; qcov=0.245; evalue=6.94e-26; confidence=weak |
| Rice | Os03g0647400- identity=66.2; qcov=0.27; evalue=9.14e-28; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07802 (GCK) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994031 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057775052.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775052.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775052.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775052.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775052.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:28276801 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A8,B45,B58,B87,C34 |
Chr7:28276803 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A19,B130,B21,B89,C2 |
Chr7:28276811 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B137,C15,C21 |
Chr7:28276851 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A23,B33,B69,C84,D2 |
Chr7:28276852 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr7:28276862 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 143 | A10,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A7,B10,B100,B102,B103,B106,B107,B109,B11,B111,B113,B114,B118,B119,B12,B120,B121,B123,B125,B127,B129,B130,B131,B133,B134,B136,B139,B14,B140,B15,B19,B21,B22,B25,B26,B28,B29,B3,B31,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B43,B44,B45,B5,B52,B53,B55,B57,B59,B6,B63,B65,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B78,B79,B8,B83,B85,B87,B89,B91,B93,B94,B99,C10,C11,C12,C13,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C23,C26,C28,C3,C36,C38,C39,C4,C40,C42,C45,C46,C47,C5,C51,C52,C53,C54,C56,C58,C6,C60,C61,C62,C63,C65,C69,C7,C71,C73,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,D1,D11,D9 |
Chr7:28276872 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | A3,B25,B78,B85,C13,C61,C71,C86 |
Chr7:28276875 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C84 |
Chr7:28276880 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B132 |
Chr7:28276900 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C5,D3 |
Chr7:28276904 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:28278993 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B125,B137 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775052.1PF07802
GCK 130-202 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775052.1 |
Pfam | PF07802 |
GCK | Domain | 130 | 202 | 1.8e-32 | 112.3 | GCK domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。