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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002833

染色体: Chr07 坐标: 28385595-28389826 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002833
名称SmilChr07G002833
描述mitotic checkpoint protein BUB3.3
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28385595 - 28389826 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995844
GeneID130995844
locus_tag-
NCBI NameLOC130995844
原始查询SmilChr07G002833

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitotic checkpoint protein BUB3.3
产物mitotic checkpoint protein BUB3.3
ArabidopsisAT1G69400 (AT1G69400)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843272]
identity=49; qcov=0.955; evalue=6.45e-103; confidence=high
RiceOs03g0448600 (OsWD40-76)
-
identity=35.6; qcov=0.985; evalue=1.38e-65; confidence=medium
GOGO:0000776 (kinetochore); GO:0007094 (mitotic spindle assembly checkpoint signaling); GO:0009524 (phragmoplast); GO:0033597 (mitotic checkpoint complex); GO:0043130 (ubiquitin binding); GO:1990298 (bub1-bub3 complex)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995844

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777271.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057777270.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057777270.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777271.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777271.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28385881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr7:28385899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B129,B86,C17
Chr7:28386905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr7:28387459 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:28387511 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr7:28388216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:28389458 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 6 A15,B20,C21,C41,C62,C76
Chr7:28389604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr7:28389662 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777270.1
380 aa
N
1
190
380
WD40
C
PF00400 WD40 94-124 aa
XP_057777271.1
331 aa
N
1
166
331
WD40
C
PF00400 WD40 94-124 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777270.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 94 124 2.2e-13 50.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057777271.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 94 124 1.6e-13 51.3 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921287.1
CTATTTCAAAATACTTCCCACTTCTGAGTTCCCCAATTTCGAGAAATTCTTCGGTAGAATGAACGGTTCATGCTTGAATTTCGACAGCCCGATTCGAGACGCCATTTCCAGGATCCGGTTTGCTCCAGTTTCGAACAATCTTCTTATTTCCTCTTGGGATTCGAGTCTCCGACTTTTCGATGTGGATAAATGCGAGCTCAGATTCGAAGCTCCTAATGGAGGCTCGGCGGCGCTTCTAGATTGCTGTTTCGAGAGTGAAT...
XM_057921288.1
TATTTCAAAATACTTCCCACTTCTGAGTTCCCCAATTTCGAGAAATTCTTCGGTAGAATGAACGGTTCATGCTTGAATTTCGACAGCCCGATTCGAGACGCCATTTCCAGGATCCGGTTTGCTCCAGTTTCGAACAATCTTCTTATTTCCTCTTGGGATTCGAGTCTCCGACTTTTCGATGTGGATAAATGCGAGCTCAGATTCGAAGCTCCTAATGGAGGCTCGGCGGCGCTTCTAGATTGCTGTTTCGAGAGTGAATC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995844
ATGAACGGTTCATGCTTGAATTTCGACAGCCCGATTCGAGACGCCATTTCCAGGATCCGGTTTGCTCCAGTTTCGAACAATCTTCTTATTTCCTCTTGGGATTCGAGTCTCCGACTTTTCGATGTGGATAAATGCGAGCTCAGATTCGAAGCTCCTAATGGAGGCTCGGCGGCGCTTCTAGATTGCTGTTTCGAGAGTGAATCAGTTGCTCTCGCTGCAAATTCTGATGGTTCCATTCTCAGGTATGACATGCGTGTGGG...
LOC130995844
ATGAACGGTTCATGCTTGAATTTCGACAGCCCGATTCGAGACGCCATTTCCAGGATCCGGTTTGCTCCAGTTTCGAACAATCTTCTTATTTCCTCTTGGGATTCGAGTCTCCGACTTTTCGATGTGGATAAATGCGAGCTCAGATTCGAAGCTCCTAATGGAGGCTCGGCGGCGCTTCTAGATTGCTGTTTCGAGAGTGAATCAGTTGCTCTCGCTGCAAATTCTGATGGTTCCATTCTCAGGTATGACATGCGTGTGGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777270.1
MNGSCLNFDSPIRDAISRIRFAPVSNNLLISSWDSSLRLFDVDKCELRFEAPNGGSAALLDCCFESESVALAANSDGSILRYDMRVGNSKAIGNHEDLATCIEYSEEKRQVISAGWDKKVQFWDPRSTSSLGCLSSLGKDVESMSLSGLLLMVAHKSSVHLYDLRYLDRSVQAKEYFMDAQIKCLRTNSELEGFVAGSIDGRVALRHVGQSNTNEGYAFRCHPKDRKGRQHLVAVNDIAFNPSLCGVVVTGDNEGYATMW...
XP_057777271.1
MNGSCLNFDSPIRDAISRIRFAPVSNNLLISSWDSSLRLFDVDKCELRFEAPNGGSAALLDCCFESESVALAANSDGSILRYDMRVGNSKAIGNHEDLATCIEYSEEKRQVISAGWDKKVQFWDPRSTSSLGCLSSLGKDVESMSLSGLLLMVAHKSSVHLYDLRYLDRSVQAKEYFMDAQIKCLRTNSELEGFVAGSIDGRVALRHVGQSNTNEGYAFRCHPKDRKGRQHLVAVNDIAFNPSLCGVVVTGDNEGYATMW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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