当前解析结果
SmilChr07G002837| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002837 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002837 |
| 描述 | eukaryotic translation initiation factor 5A-2 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 28424631 - 28426876 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995847 |
|---|---|
| GeneID | 130995847 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995847 |
| 原始查询 | SmilChr07G002837 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | eukaryotic translation initiation factor 5A-2 |
| 产物 | eukaryotic translation initiation factor 5A-2 |
| Arabidopsis | AT1G13950 (ELF5A-1)eukaryotic elongation factor 5A-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837955] identity=91.2; qcov=1; evalue=2.54e-104; confidence=high |
| Rice | Os12g0507200 (eIF-4d)- identity=94.4; qcov=1.01; evalue=5.2e-111; confidence=high |
| GO | GO:0003723 (RNA binding); GO:0003746 (translation elongation factor activity); GO:0043022 (ribosome binding); GO:0045901 (positive regulation of translational elongation); GO:0045905 (positive regulation of translational termination) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01287 (eIF-5a); PF21485 (IF5A-like_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995847 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057777275.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057777275.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057777275.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057777275.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777275.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:28425013 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C80 |
Chr7:28426363 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,C44 |
Chr7:28426511 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777275.1PF21485
IF5A-like_N 17-79 aa
PF01287
eIF-5a 85-154 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777275.1 |
Pfam | PF21485 |
IF5A-like_N | Domain | 17 | 79 | 1.2e-37 | 128.3 | Translation initiation factor 5A-like, N-terminal |
XP_057777275.1 |
Pfam | PF01287 |
eIF-5a | Domain | 85 | 154 | 1e-29 | 103.2 | Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。