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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002843

染色体: Chr07 坐标: 28541682-28548136 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002843
名称SmilChr07G002843
描述uncharacterized SmilChr07G002843
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28541682 - 28548136 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994038
GeneID130994038
locus_tag-
NCBI NameLOC130994038
原始查询SmilChr07G002843

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF28834 (KOKOPELLI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994038

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057775059.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057775059.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775059.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775059.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775059.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28544765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr7:28544772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B132,C2,C41
Chr7:28544789 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B72
Chr7:28544801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B125,B86,C81
Chr7:28544824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C81
Chr7:28544838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B132,C2,C41
Chr7:28544852 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B139,C1,C49
Chr7:28544852 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,C1,C49
Chr7:28544931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr7:28544953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr7:28545228 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,C17,C45,C61
Chr7:28545307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B125,B86,C17,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775059.1
741 aa
N
1
370
741
KOKOPELLI
KOKOPELLI
C
PF28834 KOKOPELLI 1-72 aa PF28834 KOKOPELLI 495-718 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775059.1 Pfam PF28834 KOKOPELLI Family 1 72 9.7e-28 98.5 KOKOPELLI
XP_057775059.1 Pfam PF28834 KOKOPELLI Family 495 718 9.7e-28 98.5 KOKOPELLI

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919076.1
ACTGGGGATTTGCCTCTCTTCACTTTCGAGATGCTGGCAACTGCCACATAAATATCATATGCTGTATTAAGTGTTCGTTTTTCCTCATTTGTTAGTGTTGTGCGTGGTGATATTCTGCCAAGTTTTTAGAAGGTAATGGATGGGAAGGACATCCAATCAGATCTTCATGCCCTTCAAAGACTCTACGGGCTTCTCAAAAAAGATGGAGACGAAGCTTCGGACTCCGGCTCTGATTCGCTAGATGCGCACACTCGGATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994038
ATGGATGGGAAGGACATCCAATCAGATCTTCATGCCCTTCAAAGACTCTACGGGCTTCTCAAAAAAGATGGAGACGAAGCTTCGGACTCCGGCTCTGATTCGCTAGATGCGCACACTCGGATTTTCTTAAAGAATCTTTTGGATGTGGCGACTAAAAGAGTCCTCAAGCCGAAACATATCTCTTTTGTTGAGGTCCAATGCAAGATCCGTCAAGCCGAAACATCAGGGGCACTTTCTCCTGCTCGGCTTCAGCAACTAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775059.1
MDGKDIQSDLHALQRLYGLLKKDGDEASDSGSDSLDAHTRIFLKNLLDVATKRVLKPKHISFVEVQCKIRQAETSGALSPARLQQLDEAASEERPTTRSRLSIAVEGDQSSDGRLTPEWSQAGAMEQSIHRVPSIGQKRCRICQRNTVKQLGSTGATHFHEVARNSNTYADHQYRQNSVGIREKEIVWLSRNMSDDSKCEKRRQRPSDLNIIGGADISPDRMATDISKMCHSNMETISKPEEPDCLSQEASKAIQQIELC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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