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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002844

染色体: Chr07 坐标: 28542002-28543626 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002844
名称SmilChr07G002844
描述L-galactose dehydrogenase-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28542002 - 28543626 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994036
GeneID130994036
locus_tag-
NCBI NameLOC130994036
原始查询SmilChr07G002844

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述L-galactose dehydrogenase-like
产物L-galactose dehydrogenase-like
ArabidopsisAT4G33670 (AT4G33670)
NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829509]
identity=59.5; qcov=1.32; evalue=3.3e-70; confidence=high
RiceOs12g0482700
-
identity=54; qcov=1.32; evalue=2.67e-64; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0010349 (L-galactose dehydrogenase activity); GO:0019853 (L-ascorbic acid biosynthetic process)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994036

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057775058.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057775058.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775058.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775058.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775058.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28542540 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 11 A10,A18,A7,B100,B132,B5,C19,C31,C57,C59,D4
Chr7:28542576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C38
Chr7:28543553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B137,C81
Chr7:28543578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B34,C38
Chr7:28543579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919075.1
ATGAGTTACATTGTGTCGACAAAATGTGGAAGGTACAAAGAAGGTTTCGATTTTAGTGCTGAAAGAGTGACGAGGAGCATTGATGAGAGCCTGGAGAGGTTGCAGCTTGATTATATTGTGACTGAGACCATTCCTGCACTTGTTAAATTGAAGGAAGCAGGAAAGGCTAAATTCACTTATGTTCTGGATAGAGTTCCACCTGGAACAGTTGATGTAATCCTATCATATTGTCACTACGGTGTAAATGACTCCACTTTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994036
ATGAGTTACATTGTGTCGACAAAATGTGGAAGGTACAAAGAAGGTTTCGATTTTAGTGCTGAAAGAGTGACGAGGAGCATTGATGAGAGCCTGGAGAGGTTGCAGCTTGATTATATTGTGACTGAGACCATTCCTGCACTTGTTAAATTGAAGGAAGCAGGAAAGGCTAAATTCACTTATGTTCTGGATAGAGTTCCACCTGGAACAGTTGATGTAATCCTATCATATTGTCACTACGGTGTAAATGACTCCACTTTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775058.1
MSYIVSTKCGRYKEGFDFSAERVTRSIDESLERLQLDYIVTETIPALVKLKEAGKAKFTYVLDRVPPGTVDVILSYCHYGVNDSTLEDLIPYLKSKASVELKAACQDAAAYCKEKGKNISKLSLQYSLSNKDISILVGMNSVTQVDENVELQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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