Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002845`

染色体: Chr07 坐标: 28552095-28552634 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002845`
名称	SmilChr07G002845
描述	DELLA protein GAI1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	28552095 - 28552634 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994039`
GeneID	`130994039`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994039`
原始查询	`SmilChr07G002845`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DELLA protein GAI1-like
产物	DELLA protein GAI1-like
Arabidopsis	`AT1G66350` (RGL1) RGA-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842953] identity=62.42; qcov=0.855; evalue=4.54e-60; confidence=high
Rice	`Os03g0707600` (SLR1) - identity=70.69; qcov=0.637; evalue=1.64e-49; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009723 (response to ethylene); GO:0009737 (response to abscisic acid); GO:0009863 (salicylic acid mediated signaling pathway); GO:0009867 (jasmonic acid mediated signaling pathway); GO:0009938 (negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway); GO:0010187 (negative regulation of seed germination); GO:0042538 (hyperosmotic salinity response); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:2000033 (regulation of seed dormancy process); GO:2000377 (regulation of reactive oxygen species metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF03514 (GRAS)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994039

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

特征证据限制：抽查两个保留的历史缓存共 206 行，PROFEAT 特征全部为零；第二块缓存为 106 行，比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实，不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测，也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选，特征完整性与预测可靠性尚未建立。

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775060.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:28552097`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	frameshift_variant	82	A1,A11,A18,A24,A5,A8,B101,B105,B108,B109,B11,B113,B117,B134,B135,B2,B21,B22,B28,B31,B37,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B48,B50,B57,B58,B59,B61,B64,B66,B68,B7,B71,B72,B77,B78,B79,B8,B80,B82,B87,B88,B89,B93,B98,C1,C12,C16,C26,C27,C34,C35,C36,C42,C43,C48,C51,C58,C6,C62,C68,C71,C75,C76,C77,C78,C79,C83,C84,C85,C86,C9,D2,D5,D8,D9
`Chr7:28552115`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,A8,C87
`Chr7:28552126`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr7:28552130`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B134,B43,C43,C48,C8
`Chr7:28552139`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C7
`Chr7:28552161`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	42	A13,A16,A19,A25,B100,B124,B128,B129,B13,B138,B21,B24,B32,B38,B4,B45,B5,B50,B54,B57,B58,B75,B79,B83,B84,B95,B99,C1,C12,C17,C27,C34,C36,C39,C46,C6,C69,C76,C77,C84,D2,D8
`Chr7:28552188`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B102,C59,C7
`Chr7:28552257`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,A4,B129,B86,C17
`Chr7:28552280`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B76,C45,D4
`Chr7:28552294`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B85
`Chr7:28552320`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B26,B97,C21
`Chr7:28552325`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775060.1

179 aa

179

GRAS

PF03514 GRAS 73-175 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775060.1`	Pfam	`PF03514`	GRAS	Family	73	175	4.1e-27	95.8	GRAS domain family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919077.1
ATGCCCGATTTCGATCATTTCTTCGATTCCTCCACCATAGATAACTCCAGCGTCAACCAAATGGTGGTCGACTCTGATCTCACCGCCATCCCGGGACAAGCAGTCTACCCTAGGACCAAACCCCCACATCAGACGCAGCCGCTGCCCAAGAAATTGAAACTTTCGCCGCCGACCGAGTCGGTTGTCCTGGTTGACTCGCAGGAGAACGGCATCAGACTGGTTCATTCCTTGATGGCCTGCGCGGAGGCCGTACATCAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080393.1_cds_XP_057775060.1_38183
ATGCCCGATTTCGATCATTTCTTCGATTCCTCCACCATAGATAACTCCAGCGTCAACCAAATGGTGGTCGACTCTGATCTCACCGCCATCCCGGGACAAGCAGTCTACCCTAGGACCAAACCCCCACATCAGACGCAGCCGCTGCCCAAGAAATTGAAACTTTCGCCGCCGACCGAGTCGGTTGTCCTGGTTGACTCGCAGGAGAACGGCATCAGACTGGTTCATTCCTTGATGGCCTGCGCGGAGGCCGTACATCAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775060.1
MPDFDHFFDSSTIDNSSVNQMVVDSDLTAIPGQAVYPRTKPPHQTQPLPKKLKLSPPTESVVLVDSQENGIRLVHSLMACAEAVHQENFKLAEALVKNIGFLAVSQPGAMRKVATYFAEALARRIYKLYPINQLDSAFTDLLQMHFYETCPYLKLAHFTANQAILEAFAGKDRVHGIEN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器