Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002867

染色体: Chr07 坐标: 28881155-28883033 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002867
名称SmilChr07G002867
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03380, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28881155 - 28883033 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994047
GeneID130994047
locus_tag-
NCBI NameLOC130994047
原始查询SmilChr07G002867

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03380, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03380%2C mitochondrial
ArabidopsisAT2G03380 (AT2G03380)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814867]
identity=49.5; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0185700
-
identity=44.1; qcov=0.982; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994047

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057775067.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057775067.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775067.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775067.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775067.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28881181 AGT A 2bp_deletion frameshift_variant 4 B108,B119,B122,B81
Chr7:28881181 AGT A 2bp_deletion CDS_variant 4 B108,B119,B122,B81
Chr7:28881220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr7:28881222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B72,C65,C83,D3,D6
Chr7:28881227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B137,B26
Chr7:28881249 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C32,C68
Chr7:28881250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr7:28881304 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B136,B139,C73
Chr7:28881324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B119,B122,B81
Chr7:28881450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr7:28881476 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B72,C46,C65,D3,D6
Chr7:28881527 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 151 A1,A11,A14,A16,A18,A20,A23,A24,A3,A5,A6,A7,A8,B10,B100,B101,B103,B104,B105,B109,B111,B113,B114,B117,B118,B120,B123,B125,B127,B128,B129,B130,B133,B134,B135,B137,B138,B139,B140,B15,B2,B21,B22,B25,B27,B28,B31,B35,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B45,B47,B48,B49,B5,B50,B53,B54,B55,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B63,B64,B65,B66,B68,B71,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B82,B83,B85,B87,B88,B89,B90,B92,B93,B97,B98,C10,C12,C13,C15,C16,C19,C20,C21,C23,C26,C27,C28,C3,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C4,C41,C42,C43,C45,C46,C48,C5,C51,C52,C59,C6,C62,C67,C68,C7,C70,C71,C75,C76,C77,C78,C79,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C9,D1,D11,D4,D5,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775067.1
625 aa
N
1
312
625
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 36-63 aa PF01535 PPR 135-159 aa PF01535 PPR 204-229 aa PF01535 PPR 234-256 aa PF01535 PPR 304-332 aa PF01535 PPR 334-362 aa PF01535 PPR 409-436 aa PF13041 PPR_2 434-482 aa PF13812 PPR_3 435-481 aa PF01535 PPR 437-467 aa PF01535 PPR 509-533 aa PF20431 E_motif 552-612 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775067.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 36 63 2.4e-56 184.8 PPR repeat
XP_057775067.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 135 159 2.4e-56 184.8 PPR repeat
XP_057775067.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 204 229 2.4e-56 184.8 PPR repeat
XP_057775067.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 234 256 2.4e-56 184.8 PPR repeat
XP_057775067.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 304 332 2.4e-56 184.8 PPR repeat
XP_057775067.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 334 362 2.4e-56 184.8 PPR repeat
XP_057775067.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 409 436 2.4e-56 184.8 PPR repeat
XP_057775067.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 434 482 1.8e-53 179.2 PPR repeat family
XP_057775067.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 435 481 1.8e-15 57.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057775067.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 437 467 2.4e-56 184.8 PPR repeat
XP_057775067.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 509 533 2.4e-56 184.8 PPR repeat
XP_057775067.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 552 612 2.4e-10 41.2 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919084.1
ATGGACCCTTTATTGAAGAGAAAATTAGTGAGTCTGTATGGTTTATTTGGGCAAGTGACGACTGCCCGCCAGGTGTTCGATAGAATTCCTGACCCGGATATTATTTCATGTAAAGTGATGATAAGGTATTTTATGAATAATTTGTACGGAGAGATAATTGAATTCTACAAGCTTATGCAAAGGAGATTTTTTGTTTTTGATAACATTGTGTTCTCAATTGTGTTGAAGACGTGTAGTGAGCTGAGGGATTTCGGTGTAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994047
ATGGACCCTTTATTGAAGAGAAAATTAGTGAGTCTGTATGGTTTATTTGGGCAAGTGACGACTGCCCGCCAGGTGTTCGATAGAATTCCTGACCCGGATATTATTTCATGTAAAGTGATGATAAGGTATTTTATGAATAATTTGTACGGAGAGATAATTGAATTCTACAAGCTTATGCAAAGGAGATTTTTTGTTTTTGATAACATTGTGTTCTCAATTGTGTTGAAGACGTGTAGTGAGCTGAGGGATTTCGGTGTAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775067.1
MDPLLKRKLVSLYGLFGQVTTARQVFDRIPDPDIISCKVMIRXYFMNNLYGEIIEFYKLMQRRFFVFDNIVFSIVLKTCSELRDFGVGRKLHCYIVQIGKTDSFVLTGLVDIYAKCGEVDSPRRVFYRIWDRNVVCWTSMIVGYVQNNCLREGLLLFNRIAXVEGNDYTLGIIVTACAKLGTLHQDKWVYGNVIKNGILVTSYLFTSLLDMYVKCGAVEDARMIFDEVRVIDVFSWTPMIMGYAQNGAAEKALHLFTDKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器