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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002873

染色体: Chr07 坐标: 28943991-28948391 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002873
名称SmilChr07G002873
描述remorin 1.4-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向28943991 - 28948391 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995874
GeneID130995874
locus_tag-
NCBI NameLOC130995874
原始查询SmilChr07G002873

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述remorin 1.4-like
产物remorin 1.4-like
ArabidopsisAT1G13920 (AT1G13920)
Remorin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837952]
identity=51.4; qcov=0.341; evalue=2.42e-30; confidence=low
RiceOs10g0325400 (OsREM0.2)
-
identity=47.3; qcov=0.344; evalue=9.15e-24; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF03763 (Remorin_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995874

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057777336.1
2 Cytoskeleton 细胞骨架 0.40000 XP_057777336.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057777336.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777336.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777336.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:28946834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,C65
Chr7:28947270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr7:28947292 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 11 A10,B110,B131,B23,B3,B33,B40,C39,C64,C66,D2
Chr7:28947296 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 11 A10,B110,B131,B23,B3,B33,B40,C39,C64,C66,D2
Chr7:28947309 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B129,B86,C17
Chr7:28947368 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B125
Chr7:28947368 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B125

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777336.1
326 aa
N
1
163
326
Remorin_C
C
PF03763 Remorin_C 218-321 aa
XP_057777337.1
325 aa
N
1
162
325
Remorin_C
C
PF03763 Remorin_C 218-320 aa
XP_057777338.1
320 aa
N
1
160
320
Remorin_C
C
PF03763 Remorin_C 212-315 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777336.1 Pfam PF03763 Remorin_C Family 218 321 1.1e-25 90.3 Remorin, C-terminal region
XP_057777337.1 Pfam PF03763 Remorin_C Family 218 320 1.7e-27 96.0 Remorin, C-terminal region
XP_057777338.1 Pfam PF03763 Remorin_C Family 212 315 1e-25 90.3 Remorin, C-terminal region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921355.1
GCCCAAAATCTGACAGAGAATCCTCACATAAACAAGTGATCTTTAATATCACGAAAAGCATGTTTTCCTTTCATGTCCTAAAAGATTCAAAATCAGTTTTTGCATGCAAAGCATATCCAAAATCCCAGGTTGCTTGCCACCCAAATTTTCACAGCCTATCACATAAACCACAGCAAGTTTTCCCATTCATATACTGCTGCTCCTTCAAATAAGCATTAAAACCTCAATGAGAATAGCATACCATCACAAAAGATTTTGGA...
XM_057921353.1
ATCTGACAGAGAATCCTCACATAAACAAGTGATCTTTAATATCACGAAAAGCATGTTTTCCTTTCATGTCCTAAAAGATTCAAAATCAGTTTTTGCATGCAAAGCATATCCAAAATCCCAGGTTGCTTGCCACCCAAATTTTCACAGCCTATCACATAAACCACAGCAAGTTTTCCCATTCATATACTGCTGCTCCTTCAAATAAGCATTAAAACCTCAATGAGAATAGCATACCATCACAAAAGATTTTGGAGCAGTCC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130995874
ATGGAAAGCTTGATTAAGCAAACAAGATCAAGATTTGGAGGTACTAAAGAGGATAAAAGCAGCAGCACAACAGACAGTAAAATCCCACCTCAAAAAACACAATCTTACAGAGAGAAGAAGAGAAACCAAGGGTGGAACAAGAAACAGTTATCCAGACAAATGAGTTGGGAGTATGATTTCAGCAGTTCAGAATATCCTACTGCTGTTGCAGCAGCAGCTTATGCTATCCAATCTCTCGAAGAATCAAGCTCGTGGGACAA...
LOC130995874
ATGGAAAGCTTGATTAAGCAAACAAGATCAAGATTTGGAGGTACTAAAGAGGATAAAAGCAGCAGCACAACAGACAGTAAAATCCCACCTCAAAAAACACAATCTTACAGAGAGAAGAAGAGAAACCAAGGGTGGAACAAGAAACAGTTATCCAGACAAATGAGTTGGGAGTATGATTTCAGCAGTTCAGAATATCCTACTGCTGTTGCAGCAGCAGCTTATGCTATCCAATCTCTCGAAGAATCAAGCTCGTGGGACAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057777336.1
MESLIKQTRSRFGGTKEDKSSSTTDSKIPPQKTQSYREKKRNQGWNKKQLSRQMSWEYDFSSSEYPTAVAAAAYAIQSLEESSSWDKRERDYGHNNSLRKTKSRVDEREEKPEPLKSALKSFDGTPRTNFKDEGTTSNRLPERKPTKKISFADLAEISNNNGAKLPQQQDPERAPSLKRPPTSADRQLSMADSRKPLKSPPPPLPPPPPIARKPGPADSAAAAWEKEEMASIKERYEKLRARIDNWETKKKKKAKRKIES...
XP_057777337.1
MESLIKQTRSRFGGTKEDKSSSTTDSKIPPQKTQSYREKKRNQGWNKKQLSRQMSWEYDFSSSEYPTAVAAAAYAIQSLEESSSWDKRERDYGHNNSLRKTKSRVDEREEKPEPLKSALKSFDGTPRTNFKDEGTTSNRLPERKPTKKISFADLAEISNNNGAKLPQQQDPERAPSLKRPPTSADRQLSMADSRKPLKSPPPPLPPPPPIARKPGPADSAAAAWEKEEMASIKERYEKLRARIDNWETKKKKKAKRKIES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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