当前解析结果
SmilChr07G002885| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002885 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002885 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G002885 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 29102284 - 29102733 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994051 |
|---|---|
| GeneID | 130994051 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994051 |
| 原始查询 | SmilChr07G002885 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00098 (zf-CCHC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994051 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057775071.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057775071.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775071.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775071.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775071.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:29102380 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B42,B43,B72,B88,B95 |
Chr7:29102391 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr7:29102418 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:29102430 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B6,D11 |
Chr7:29102435 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B42,B43,B72,B88,B95 |
Chr7:29102462 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B42,B43,B72,B88,B95 |
Chr7:29102484 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr7:29102497 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B42,B43,B72,B88,B95 |
Chr7:29102545 |
GTT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B42,B43,B72,B88,B95,C83 |
Chr7:29102568 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:29102607 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A24,B111,B126 |
Chr7:29102617 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 41 | A15,A22,B1,B10,B104,B110,B113,B115,B125,B137,B38,B39,B4,B46,B47,B5,B60,B62,B63,B66,B77,B98,C15,C19,C24,C28,C49,C5,C52,C59,C64,C65,C66,C71,C79,C8,C82,C9,D10,D6,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775071.1PF00098
zf-CCHC 46-62 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775071.1 |
Pfam | PF00098 |
zf-CCHC | Domain | 46 | 62 | 0.00012 | 22.8 | Zinc knuckle |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。