当前解析结果
SmilChr07G002895| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002895 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002895 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G002895 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 29304258 - 29308391 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994052 |
|---|---|
| GeneID | 130994052 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994052 |
| 原始查询 | SmilChr07G002895 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT1G43760 (AT1G43760)DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=27.3; qcov=0.298; evalue=5.01e-42; confidence=weak |
| Rice | Os06g0484800- identity=29; qcov=0.601; evalue=2.1e-107; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF03372 (Exo_endo_phos); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994052 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057775073.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057775073.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057775073.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775073.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775073.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:29306275 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B51 |
Chr7:29306275 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B51 |
Chr7:29306283 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B51 |
Chr7:29306468 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B36 |
Chr7:29306678 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C41 |
Chr7:29306678 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C41 |
Chr7:29307172 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A20 |
Chr7:29307256 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr7:29307356 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,B55,C77 |
Chr7:29307437 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,B26 |
Chr7:29307443 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B53,B64,B8,B93,C2 |
Chr7:29307480 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,C3,C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775073.1PF03372
Exo_endo_phos 5-220 aa
PF00078
RVT_1 498-759 aa
PF13966
zf-RVT 1014-1095 aa
PF13456
RVT_3 1225-1346 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775073.1 |
Pfam | PF03372 |
Exo_endo_phos | Domain | 5 | 220 | 7.1e-08 | 33.2 | Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family |
XP_057775073.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 498 | 759 | 3.9e-29 | 102.7 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057775073.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 1014 | 1095 | 3.7e-19 | 69.9 | zinc-binding in reverse transcriptase |
XP_057775073.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 1225 | 1346 | 3e-18 | 66.6 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。