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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002916

染色体: Chr07 坐标: 29552249-29556465 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002916
名称SmilChr07G002916
描述probable RNA-dependent RNA polymerase 1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向29552249 - 29556465 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995913
GeneID130995913
locus_tag-
NCBI NameLOC130995913
原始查询SmilChr07G002916

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable RNA-dependent RNA polymerase 1
产物probable RNA-dependent RNA polymerase 1
ArabidopsisAT1G14790 (RDR1)
RNA-dependent RNA polymerase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838044]
identity=61.1; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0736200 (RDR1)
-
identity=65.1; qcov=0.645; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003968 (RNA-directed RNA polymerase activity); GO:0030422 (siRNA processing); GO:0031380 (nuclear RNA-directed RNA polymerase complex)
KEGG-
PfamPF05183 (RdRP); PF24823 (PH_RDR2); PF26250 (RRM_RdRP1_2); PF26252 (RdRP_helical); PF26253 (RdRP_head)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995913

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777392.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057777392.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057777392.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777392.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777392.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:29552395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,A8,B109
Chr7:29552430 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr7:29552574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:29553043 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr7:29553565 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 A19
Chr7:29553565 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 A19
Chr7:29553633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B99,C10,C18,C43,C64
Chr7:29553741 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr7:29553881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr7:29554196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr7:29554414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr7:29554641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777392.1
1127 aa
N
1
564
1127
RRM_RdRP1_2
PH_RDR2
RdRP_helical
RdRP
RdRP_head
C
PF26250 RRM_RdRP1_2 4-85 aa PF24823 PH_RDR2 104-244 aa PF26252 RdRP_helical 261-340 aa PF05183 RdRP 365-931 aa PF26253 RdRP_head 952-1091 aa
XP_057777393.1
1127 aa
N
1
564
1127
RRM_RdRP1_2
PH_RDR2
RdRP_helical
RdRP
RdRP_head
C
PF26250 RRM_RdRP1_2 4-85 aa PF24823 PH_RDR2 104-244 aa PF26252 RdRP_helical 261-340 aa PF05183 RdRP 365-931 aa PF26253 RdRP_head 952-1091 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777392.1 Pfam PF26250 RRM_RdRP1_2 Domain 4 85 4.2e-16 59.9 RdRP1/2, RRM domain
XP_057777392.1 Pfam PF24823 PH_RDR2 Domain 104 244 8.4e-37 127.2 RDR2 PH-like domain
XP_057777392.1 Pfam PF26252 RdRP_helical Domain 261 340 8.1e-13 49.0 RNA dependent RNA polymerase, helical domain
XP_057777392.1 Pfam PF05183 RdRP Family 365 931 6e-203 676.4 RNA dependent RNA polymerase
XP_057777392.1 Pfam PF26253 RdRP_head Domain 952 1091 2e-44 152.0 RdRP, head domain
XP_057777393.1 Pfam PF26250 RRM_RdRP1_2 Domain 4 85 4.2e-16 59.9 RdRP1/2, RRM domain
XP_057777393.1 Pfam PF24823 PH_RDR2 Domain 104 244 8.4e-37 127.2 RDR2 PH-like domain
XP_057777393.1 Pfam PF26252 RdRP_helical Domain 261 340 8.1e-13 49.0 RNA dependent RNA polymerase, helical domain
XP_057777393.1 Pfam PF05183 RdRP Family 365 931 6e-203 676.4 RNA dependent RNA polymerase
XP_057777393.1 Pfam PF26253 RdRP_head Domain 952 1091 2e-44 152.0 RdRP, head domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921410.1
GCGTCGTATGATTGGATGATAGATACAGAGCAACGCAAGAGTCCATTCGTCAGCAATGGAATAGATCACTCTTTTCTTCTTCATATGGGTTTGCATCTTTAGAAGCTCATGGCTTTTTGATCGTTCAACTCTCATCCAAGGAGCAATATATTTCTGGTTTGTCGGTTACATTAAAAATGAGAAAGACACTTCATGTTTCTGGTTTCCCTAAACTGATTGCTGCTGAAGAAGTGAGAAAGTTCTTGGAGGGTCACACGTGC...
XM_057921409.1
ATTAGAATCGAATCTTTGAGTTATCCACTTTACATACGAAGACTTATAATTGACTCTAAATACAGTCACTCTTTTCTTCTTCATATGGGTTTGCATCTTTAGAAGCTCATGGCTTTTTGATCGTTCAACTCTCATCCAAGGAGCAATATATTTCTGGTTTGTCGGTTACATTAAAAATGAGAAAGACACTTCATGTTTCTGGTTTCCCTAAACTGATTGCTGCTGAAGAAGTGAGAAAGTTCTTGGAGGGTCACACGTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995913
ATGAGAAAGACACTTCATGTTTCTGGTTTCCCTAAACTGATTGCTGCTGAAGAAGTGAGAAAGTTCTTGGAGGGTCACACGTGCGAGGGAGCTATAGAGGCTCTAGAAGTAAAACCAGGCAAGAGGGGTTCGAGGGCTTATGCCAAAGTCCAATTTACCTCTAAAGAAGACGCCGACAAGATTATACATTTGGCCAACATTGGCCTCTACTATTATTTGGGAAACTCTCGCTCTTACTTGAAGGCCTTTGAACAGGACAC...
LOC130995913
ATGAGAAAGACACTTCATGTTTCTGGTTTCCCTAAACTGATTGCTGCTGAAGAAGTGAGAAAGTTCTTGGAGGGTCACACGTGCGAGGGAGCTATAGAGGCTCTAGAAGTAAAACCAGGCAAGAGGGGTTCGAGGGCTTATGCCAAAGTCCAATTTACCTCTAAAGAAGACGCCGACAAGATTATACATTTGGCCAACATTGGCCTCTACTATTATTTGGGAAACTCTCGCTCTTACTTGAAGGCCTTTGAACAGGACAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777392.1
MRKTLHVSGFPKLIAAEEVRKFLEGHTCEGAIEALEVKPGKRGSRAYAKVQFTSKEDADKIIHLANIGLYYYLGNSRSYLKAFEQDTNFVNHRSFMHELDGLTLNFGCQVSKDRFSVLWRAADVSVKFGSSLNKMHLFVCEDLVEYRLQLSYENIWQIVLYNSSVQTERLLLIQLFGAPRIYKKLEYSVYSFYRETPDDQWVRTTDFTPSCIGQSSGLCLQLPRHVKLPDFKNNFMHYTVSEEPFQLVKGAPFCGNLPLV...
XP_057777393.1
MRKTLHVSGFPKLIAAEEVRKFLEGHTCEGAIEALEVKPGKRGSRAYAKVQFTSKEDADKIIHLANIGLYYYLGNSRSYLKAFEQDTNFVNHRSFMHELDGLTLNFGCQVSKDRFSVLWRAADVSVKFGSSLNKMHLFVCEDLVEYRLQLSYENIWQIVLYNSSVQTERLLLIQLFGAPRIYKKLEYSVYSFYRETPDDQWVRTTDFTPSCIGQSSGLCLQLPRHVKLPDFKNNFMHYTVSEEPFQLVKGAPFCGNLPLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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