当前解析结果
SmilChr07G002924| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002924 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002924 |
| 描述 | fructokinase-like 2, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 29621922 - 29624870 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995932 |
|---|---|
| GeneID | 130995932 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995932 |
| 原始查询 | SmilChr07G002924 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | fructokinase-like 2, chloroplastic |
| 产物 | fructokinase-like 2%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT1G69200 (FLN2)fructokinase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843251] identity=58.8; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0602600 (HSA1)- identity=55.2; qcov=0.898; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0009658 (chloroplast organization); GO:0009662 (etioplast organization); GO:0042644 (chloroplast nucleoid); GO:0042793 (plastid transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00294 (PfkB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995932 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057777423.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057777423.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777423.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777423.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777423.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:29622213 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr7:29622216 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B72,C71 |
Chr7:29622286 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 174 | A10,A11,A13,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A6,A7,B10,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B110,B112,B114,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B125,B127,B13,B131,B132,B133,B134,B138,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B23,B24,B29,B3,B33,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B44,B48,B49,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B61,B64,B66,B67,B7,B70,B72,B73,B75,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B86,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C28,C3,C30,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C40,C41,C43,C45,C46,C48,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C60,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C79,C8,C81,C82,C83,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5 |
Chr7:29622392 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B35 |
Chr7:29622795 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:29622951 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr7:29622997 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B72,C71 |
Chr7:29623476 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:29623662 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr7:29623680 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B72,C71 |
Chr7:29623727 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 186 | A1,A10,A11,A13,A15,A18,A19,A2,A21,A23,A24,A3,A4,A6,A9,B10,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B110,B112,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B125,B127,B13,B131,B132,B133,B134,B137,B138,B139,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B22,B23,B26,B29,B3,B33,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B44,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B55,B56,B57,B58,B61,B64,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B74,B75,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B85,B86,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C28,C3,C30,C32,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C48,C5,C50,C51,C52,C55,C59,C6,C60,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C79,C81,C82,C83,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D8 |
Chr7:29624065 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B111,B68,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777423.1PF00294
PfkB 227-524 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777423.1 |
Pfam | PF00294 |
PfkB | Domain | 227 | 524 | 5e-32 | 112.2 | pfkB family carbohydrate kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。