当前解析结果
SmilChr07G002926| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002926 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002926 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G002926 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 29627310 - 29628526 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130995987 |
|---|---|
| GeneID | 130995987 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995987 |
| 原始查询 | SmilChr07G002926 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ATPase E1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837930]; symbol=ATE1; hit=AT1G13690; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | ATPase E1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837930]; symbol=ATE1; hit=AT1G13690; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G13690 (ATE1)ATPase E1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837930] identity=80.4; qcov=0.959; evalue=3.47e-96; confidence=high |
| Rice | Os01g0916600 (OsGRP1)- identity=46.7; qcov=0.441; evalue=5.4e-17; confidence=low |
| GO | GO:0003723 (RNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00076 (RRM_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995987 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057777503.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.80000 | XP_057777503.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057777503.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.20000 | XP_057777503.1 |
| 5 | Nuclear speckle | 核斑点 | 0.20000 | XP_057777503.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:29627509 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B113 |
Chr7:29627509 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B113 |
Chr7:29627550 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B73,C28 |
Chr7:29627579 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B21,B77,C28 |
Chr7:29628160 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B123,B72,C38,C70 |
Chr7:29628174 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B123,B72,C38,C70 |
Chr7:29628213 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:29628268 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777503.1PF00076
RRM_1 10-79 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777503.1 |
Pfam | PF00076 |
RRM_1 | Domain | 10 | 79 | 8.8e-19 | 67.9 | RNA recognition motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。