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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002926

染色体: Chr07 坐标: 29627310-29628526 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002926
名称SmilChr07G002926
描述uncharacterized SmilChr07G002926
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向29627310 - 29628526 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995987
GeneID130995987
locus_tag-
NCBI NameLOC130995987
原始查询SmilChr07G002926

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ATPase E1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837930]; symbol=ATE1; hit=AT1G13690; species=arabidopsis; confidence=high
产物ATPase E1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837930]; symbol=ATE1; hit=AT1G13690; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G13690 (ATE1)
ATPase E1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837930]
identity=80.4; qcov=0.959; evalue=3.47e-96; confidence=high
RiceOs01g0916600 (OsGRP1)
-
identity=46.7; qcov=0.441; evalue=5.4e-17; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGG-
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995987

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777503.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057777503.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057777503.1
4 Chromatin 染色质 0.20000 XP_057777503.1
5 Nuclear speckle 核斑点 0.20000 XP_057777503.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:29627509 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B113
Chr7:29627509 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B113
Chr7:29627550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C28
Chr7:29627579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B77,C28
Chr7:29628160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B72,C38,C70
Chr7:29628174 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B72,C38,C70
Chr7:29628213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:29628268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777503.1
170 aa
N
1
85
170
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 10-79 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777503.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 10 79 8.8e-19 67.9 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921520.1
TGAAGGTGTTTTCCAATATTTCCCAAAAACTAATGGGTGAATGTGAAATTTAGCCGAAAACCTATATAACGGCAGTCAGCAACCGCCATTGATGAACTAATTAACACTAATCCGATTCGCGGAGAAAGGAAGAAATCGCCATGAACGAAGGAGTGCAGAAGAATACGCTCTACGTCGGCGGTCTGGCCGAGGAAGTGAACGAGCAAATACTCCACGCCGCCTTCATCCCATTCGGAGACATTAAGGATGTGAAGACGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995987
ATGAACGAAGGAGTGCAGAAGAATACGCTCTACGTCGGCGGTCTGGCCGAGGAAGTGAACGAGCAAATACTCCACGCCGCCTTCATCCCATTCGGAGACATTAAGGATGTGAAGACGCCGTTGGACCAGGCCACGCAGAAGCACCGCTCCTTCGGCTTCGTCACTTTTCTAGAGAGAGAAGACGCCGCTTCCGCCATGGACAACATGGACGGCGCCGAACTCTACGGCCGCGTCCTCACCGTCAATTATGCGCTTCCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777503.1
MNEGVQKNTLYVGGLAEEVNEQILHAAFIPFGDIKDVKTPLDQATQKHRSFGFVTFLEREDAASAMDNMDGAELYGRVLTVNYALPEKIKGGEQGWAAKPIWEDADTWFERQQQEQEMLRLQAEQRAAMEAAEDLHRKKMAEEREGEKDDAADDPMAKAEAEVLKQNAGA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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