Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002928`

染色体: Chr07 坐标: 29647031-29649525 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002928`
名称	SmilChr07G002928
描述	probable UDP-arabinopyranose mutase 2
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	29647031 - 29649525 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995954`
GeneID	`130995954`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995954`
原始查询	`SmilChr07G002928`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable UDP-arabinopyranose mutase 2
产物	probable UDP-arabinopyranose mutase 2
Arabidopsis	`AT3G02230` (RGP1) reversibly glycosylated polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821233] identity=90.5; qcov=0.949; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0599800` (OsUAM1) - identity=86.5; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0005829 (cytosol); GO:0009832 (plant-type cell wall biogenesis); GO:0033356 (UDP-L-arabinose metabolic process); GO:0052691 (UDP-arabinopyranose mutase activity)
KEGG	smil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01250 (Biosynthesis of nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03214 (RGP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995954

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057777463.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057777463.1`
3	Vesicle	囊泡	0.40000	`XP_057777463.1`
4	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057777463.1`
5	Melanosome	Melanosome	0.20000	`XP_057777463.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:29647563`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:29649217`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777463.1

356 aa

178

356

RGP

PF03214 RGP 11-344 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777463.1`	Pfam	`PF03214`	RGP	Family	11	344	6.3e-180	598.5	Reversibly glycosylated polypeptide

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921480.1
GATTTCAAATAATAATAAGAGCTTTATTTCCAAACACTAAAAGAAAAAAATAATACTGAAATTGTCAATTTGTCATGGAATGGATGACTAGTTAGCTGAGCTATAAAATTGAGTCAAAAAAATCTAAAAATTTCCACCTATATAAGAATGAGATTATTGTGCAGAGTCACGAATATGAAGCGAGTTATCCCAGAAAAAAGGGGAAAAAGAAGAGAATTTTGAAAATATGTTGAATGGGATAATTAACATAGTTAATTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995954
ATGGCGGAGCAGAAAGCAACACCGCTGCTGAAGGAGGAGTTGGACATTGTGATTCCGACAATCAGAAACCTGGATTTCTTGGAGATGTGGCGGCCCTTCTTCGAGCCGTACCATCTCATCATAGTTCAAGATGGCGACCCCTCCAAAGTCATCAAAGTCCCAGAGGGTTTTGATTACGAGCTCTACAATCGCAACGACATCAACAGAATTCTTGGGCCCAAGGCTTCCTGCATTTCCTTCAAGGACTCTGCTTGCAGATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777463.1
MAEQKATPLLKEELDIVIPTIRNLDFLEMWRPFFEPYHLIIVQDGDPSKVIKVPEGFDYELYNRNDINRILGPKASCISFKDSACRCFGYMVSKKKYIYTIDDDCFVAKDPTGKDINALEQHIKNLLSPSTPHFFNTLYDPYREGADFVRGYPFSMREGISTAVSHGLWLNIPDYDAPTQLVKPRERNTRYVDAVMTIPKGTLFPMCGMNLGFNRDLIGPAMYFGLMGDGQPIGRYDDMWAGWCTKVICDHLNLGIKTGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器