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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002931

染色体: Chr07 坐标: 29664468-29665652 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002931
名称SmilChr07G002931
描述protein BIG GRAIN 1-like E
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向29664468 - 29665652 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995979
GeneID130995979
locus_tag-
NCBI NameLOC130995979
原始查询SmilChr07G002931

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein BIG GRAIN 1-like E
产物protein BIG GRAIN 1-like E
ArabidopsisAT3G13980 (AT3G13980)
SKI/DACH domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820612]
identity=30.5; qcov=0.757; evalue=9.11e-11; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0009734 (auxin-activated signaling pathway)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777495.1
2 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057777495.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057777495.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777495.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777495.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:29664698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr7:29664728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C53,C65,D4
Chr7:29664785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B88,C46,D11
Chr7:29664810 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 40 A13,A15,A25,B1,B10,B125,B128,B139,B14,B20,B24,B30,B46,B54,B56,B57,B6,B73,B74,B83,B84,B90,B97,C10,C22,C28,C29,C43,C50,C53,C59,C6,C64,C66,C67,C70,C81,C82,D3,D4
Chr7:29664979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr7:29665048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr7:29665053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr7:29665056 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr7:29665058 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B100
Chr7:29665058 G GTA 2bp_insertion CDS_variant 1 B100
Chr7:29665073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr7:29665102 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C33,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921512.1
TTGAAAACAAAATCAAGCGAGAAAAAGGGAAAACAATAAACCTCATTAAATATTCATATGAGAGTGCATCTAAATTACTACTATAAAAGGGACCCGACCTAGAAAACCATTATTCTCAATCATTTCAAAGTAAACCTTTTTCCACAACCTTAACTCCCATAGTTTCGTACATTAACTAATACTAATGTCCTAAATTTTCAAACATACATACGTTAATAATATACTATATATAGTTTCACTAATACTACTAGGTTGTGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995979
ATGTCTGTTACATCCAAGAATTCATCCCACCGGCGGAACGATTCCGGCGAGATCGTGGTTTTCGATGCGGCGCGCTACTTCTCCGGCGTGGACGACAATTCCTCTTCGGTGTTCCACGGCGGCGCCGCCAGAAATAGAATGAGCCTAGACATGCCGGCGATCAACGCACACAATCTCCCGACGATTCAGAAACAATATTTGATGAGAGAGAAGAAGAAATACAAGCAGCCGAGCTCCCCCGGCGGAAGGCTCGCCAGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777495.1
MSVTSKNSSHRRNDSGEIVVFDAARYFSGVDDNSSSVFHGGAARNRMSLDMPAINAHNLPTIQKQYLMREKKKYKQPSSPGGRLASFLNSLFNQANSKKKKKSKTSAAAADDDHHAHDKRRSSISLFRIMTSSADNYCDSKSTYSAKTPTKSSYFSDRRKANGESVAGNERLRFNNGSFRNPTTKWTADHEDQRKFGDGDGDGEDSDSSSDLFDLPNLDFYSTGLPVYGTTDMDRIRIGAPVSSAAT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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