当前解析结果
SmilChr07G002938| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002938 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002938 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G002938 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 29755877 - 29757512 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994057 |
|---|---|
| GeneID | 130994057 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994057 |
| 原始查询 | SmilChr07G002938 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=38; qcov=0.468; evalue=5.57e-45; confidence=medium |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24964 (DUF7769) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994057 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057775076.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057775076.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775076.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775076.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057775076.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:29755896 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr7:29755910 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B115,B129,B9 |
Chr7:29755911 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr7:29755924 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,C7 |
Chr7:29755936 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B98,C73 |
Chr7:29755941 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A3,B62,C85 |
Chr7:29755945 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A8,B128,C69 |
Chr7:29755950 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr7:29755958 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,B62 |
Chr7:29755961 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | A3,B62,C85 |
Chr7:29755961 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A3,B62,C85 |
Chr7:29755966 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B114,B62,C85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775076.1PF24964
DUF7769 6-60 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775076.1 |
Pfam | PF24964 |
DUF7769 | Domain | 6 | 60 | 5e-07 | 30.0 | Domain of unknown function (DUF7769) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。