Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G002964`

染色体: Chr07 坐标: 30122514-30124392 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G002964`
名称	SmilChr07G002964
描述	uncharacterized SmilChr07G002964
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	30122514 - 30124392 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994065`
GeneID	`130994065`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994065`
原始查询	`SmilChr07G002964`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832993]; symbol=AT5G28780; hit=AT5G28780; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832993]; symbol=AT5G28780; hit=AT5G28780; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G28780` (AT5G28780) PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832993] identity=37; qcov=0.918; evalue=1.35e-39; confidence=medium
Rice	`Os04g0206200` - identity=32.5; qcov=0.68; evalue=1.59e-22; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF21530 (Pif1_2B_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994065

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057775083.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057775083.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775083.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775083.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775083.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:30123256`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr7:30123290`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,A9,B85,C4
`Chr7:30123339`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B7,C36,C39,C5
`Chr7:30123385`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr7:30123571`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr7:30123590`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,C38
`Chr7:30123867`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:30123873`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C81
`Chr7:30123889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:30124298`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	15	B121,B18,B19,B24,B27,B47,B54,B65,B9,C14,C26,C28,C61,C66,D3
`Chr7:30124312`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,C82,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775083.1

244 aa

122

244

Pif1_2B_dom

PF21530 Pif1_2B_dom 76-121 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775083.1`	Pfam	`PF21530`	Pif1_2B_dom	Domain	76	121	1.7e-14	53.9	DNA helicase Pif1, 2B domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919100.1
ATGAAGATGCATTTGGAAGAAGCAGAAGAGAAGAGAAGAAGAAGAAAATCTGATCTAGAAAAATTTAAGGACAAAGCTATCTTGGCGCCTACGAATGAAATGGTGGATACGATCAATAATTACGCCATGTCTTTAATGCCGCCCGAAGAAAAAGTATACCTTAGTTCAGATAACATTTGCAAAGCGGATGGAGAAGTGGATGTCCATGATGAAAGATTTTCTGTTGAATATCTCAACACAATCAAGTGTCCAGGATTGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994065
ATGAAGATGCATTTGGAAGAAGCAGAAGAGAAGAGAAGAAGAAGAAAATCTGATCTAGAAAAATTTAAGGACAAAGCTATCTTGGCGCCTACGAATGAAATGGTGGATACGATCAATAATTACGCCATGTCTTTAATGCCGCCCGAAGAAAAAGTATACCTTAGTTCAGATAACATTTGCAAAGCGGATGGAGAAGTGGATGTCCATGATGAAAGATTTTCTGTTGAATATCTCAACACAATCAAGTGTCCAGGATTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775083.1
MKMHLEEAEEKRRRRKSDLEKFKDKAILAPTNEMVDTINNYAMSLMPPEEKVYLSSDNICKADGEVDVHDERFSVEYLNTIKCPGLANHEIKWKKGCIITLLRNIDPSNELCIGTRMIVTKIGERVIEAKSISGNNVGKKFPIARMVMRQSLSNVQLYLPKTVFSHGQLYIAISRVTSKKGLKVLICDENGQTSNTTTNVVYNEIFDRLKGYVWIYNSGFRNFLFKPKLMKVIVDSGFQVRNWK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器