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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002968

染色体: Chr07 坐标: 30173748-30176535 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002968
名称SmilChr07G002968
描述ACT domain-containing protein ACR4-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向30173748 - 30176535 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995947
GeneID130995947
locus_tag-
NCBI NameLOC130995947
原始查询SmilChr07G002968

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ACT domain-containing protein ACR4-like
产物ACT domain-containing protein ACR4-like
ArabidopsisAT1G69040 (ACR4)
ACT domain repeat 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843236]
identity=75.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0413100 (OsACR7)
-
identity=69.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF01842 (ACT); PF13740 (ACT_6); PF26956 (ACT_ACR_D1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995947

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057777451.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057777451.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057777451.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777451.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777451.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:30174197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr7:30174900 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777451.1
445 aa
N
1
222
445
ACT_ACR_D1
ACT
ACT_6
C
PF26956 ACT_ACR_D1 33-109 aa PF01842 ACT 127-181 aa PF13740 ACT_6 129-173 aa
XP_057777453.1
442 aa
N
1
221
442
ACT_ACR_D1
ACT
ACT_6
C
PF26956 ACT_ACR_D1 33-109 aa PF01842 ACT 127-181 aa PF13740 ACT_6 129-173 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777451.1 Pfam PF26956 ACT_ACR_D1 Domain 33 109 2.1e-50 169.2 ACR family N-terminal ACT domain
XP_057777451.1 Pfam PF01842 ACT Domain 127 181 1.4e-31 108.6 ACT domain
XP_057777451.1 Pfam PF13740 ACT_6 Domain 129 173 4.4e-08 33.5 ACT domain
XP_057777453.1 Pfam PF26956 ACT_ACR_D1 Domain 33 109 2.5e-50 169.0 ACR family N-terminal ACT domain
XP_057777453.1 Pfam PF01842 ACT Domain 127 181 1e-31 109.0 ACT domain
XP_057777453.1 Pfam PF13740 ACT_6 Domain 129 173 4.2e-08 33.6 ACT domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921470.1
CGATTTGTTGCGAAATTTTTACTTTTTTTTTGGAGTCCTGAGAGTCGAAGGGCAACTGAAAATAGAAAGCCCCATCGACCTACCTGCCATATATATATATACACAACACAACACAACTGCCGCAAACATATTTTACACAGAGTGGCAGGTGCGAAGTGTGTTAATTTCCGGAAGGGAGAAGCTGGATGATCCGCGCAGTGTTTTGTTAGTTACACTACTCGGTATTGAAATTCCAAGATAACCAACCCACTGAGAGATTA...
XM_057921468.1
TTTGTTGCGAAATTTTTACTTTTTTTTTGGAGTCCTGAGAGTCGAAGGGCAACTGAAAATAGAAAGCCCCATCGACCTACCTGCCATATATATATATACACAACACAACACAACTGCCGCAAACATATTTTACACAGAGTGGCAGGTGCGAAGTGTGTTAATTTCCGGAAGGGAGAAGCTGGATGATCCGCGCAGTGTTTTGTTAGTTACACTACTCGGTATTGAAATTCCAAGATAACCAACCCACTGAGAGATTATTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995947
ATGGAAGCATCAGTCAGTTTCTCTAACGACATGGATGATGAATACGAGAAGCTCATTAGGAGGATGAACCCTCCGAGAGTTGTGATCGATAATGAATCTTGCAAGAATGCGACTGTGATTCAGGTGGACAGTGCTAACAAACAAGGAATCCTTCTTGAAGTTGTGCAGGTCCTCACTGATCTCAATCTAATGATAACCAAAGCTTATATTTGCTCTGATGGAGGATGGTTCATGGATGTGTTCAATGTGACTGATAATGA...
LOC130995947
ATGGAAGCATCAGTCAGTTTCTCTAACGACATGGATGATGAATACGAGAAGCTCATTAGGAGGATGAACCCTCCGAGAGTTGTGATCGATAATGAATCTTGCAAGAATGCGACTGTGATTCAGGTGGACAGTGCTAACAAACAAGGAATCCTTCTTGAAGTTGTGCAGGTCCTCACTGATCTCAATCTAATGATAACCAAAGCTTATATTTGCTCTGATGGAGGATGGTTCATGGATGTGTTCAATGTGACTGATAATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777451.1
MEASVSFSNDMDDEYEKLIRRMNPPRVVIDNESCKNATVIQVDSANKQGILLEVVQVLTDLNLMITKAYICSDGGWFMDVFNVTDNDGNKITDEGILDYIQKSLGPDSCFASSMRRSVGVKSGMDHTSIELIGSDRPGLLSEVSAVLTNLKCNVVNAEVWTHNTRAAAVMQVTDEETGGAIIDPERLSLVKRLLSNVLKGSNKTREAKTVVSHGGTHTERRLHQMMFDDRDYEHMGEDSSDRPNVNVVNWHGRDYSVVTI...
XP_057777453.1
MEASVSFSNDMDDEYEKLIRRMNPPRVVIDNESCKNATVIQVDSANKQGILLEVVQVLTDLNLMITKAYICSDGGWFMDVFNVTDNDGNKITDEGILDYIQKSLGPDSCFASSMRRSVGVKSGMDHTSIELIGSDRPGLLSEVSAVLTNLKCNVVNAEVWTHNTRAAAVMQVTDEETGGAIIDPERLSLVKRLLSNVLKGSNKTREAKTVVSHGGTHTERRLHQMMFDDRDYEHMGEDSSDRPNVNVVNWHGRDYSVVTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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