当前解析结果
SmilChr07G002969| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002969 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002969 |
| 描述 | probable carboxylesterase 5 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 30200280 - 30200783 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994066 |
|---|---|
| GeneID | 130994066 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994066 |
| 原始查询 | SmilChr07G002969 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable carboxylesterase 5 |
| 产物 | probable carboxylesterase 5 |
| Arabidopsis | AT1G49660 (CXE5)carboxyesterase 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841390] identity=39.5; qcov=0.97; evalue=3.67e-38; confidence=medium |
| Rice | Os06g0214800 (GID1L2)- identity=37.2; qcov=0.982; evalue=5.83e-33; confidence=medium |
| GO | GO:0016787 (hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00135 (COesterase); PF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994066 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057775084.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057775084.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775084.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775084.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775084.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:30200316 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B64,B84,C44 |
Chr7:30200328 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C78 |
Chr7:30200336 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 13 | A5,B113,B40,B42,B45,B55,B59,B7,B93,C29,C5,C9,D8 |
Chr7:30200340 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C11,C67,C69 |
Chr7:30200347 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr7:30200360 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B44,B64,B79,B84,C44 |
Chr7:30200366 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B2,B69 |
Chr7:30200383 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B2,B69 |
Chr7:30200383 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,B69 |
Chr7:30200419 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B71 |
Chr7:30200452 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A7,B26,B5,D3 |
Chr7:30200462 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B35,C32,C68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775084.1PF00135
COesterase 58-115 aa
PF20434
BD-FAE 58-140 aa
PF07859
Abhydrolase_3 75-159 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775084.1 |
Pfam | PF00135 |
COesterase | Domain | 58 | 115 | 3.5e-07 | 30.3 | Carboxylesterase family |
XP_057775084.1 |
Pfam | PF20434 |
BD-FAE | Domain | 58 | 140 | 1.7e-09 | 38.3 | BD-FAE |
XP_057775084.1 |
Pfam | PF07859 |
Abhydrolase_3 | Domain | 75 | 159 | 2.9e-18 | 67.1 | alpha/beta hydrolase fold |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。