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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002975

染色体: Chr07 坐标: 30319485-30320972 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002975
名称SmilChr07G002975
描述protein GOLVEN 6-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向30319485 - 30320972 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995989
GeneID130995989
locus_tag-
NCBI NameLOC130995989
原始查询SmilChr07G002975

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein GOLVEN 6-like
产物protein GOLVEN 6-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF21529 (GLV1-2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995989

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057777505.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777505.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777505.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777505.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777505.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:30319542 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 15 B103,B106,B107,B11,B131,B133,B16,B31,B50,B57,C2,C23,C43,D11,D4
Chr7:30319651 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 21 A1,A19,A3,B104,B111,B117,B121,B139,B41,B57,B6,B74,B75,B78,C20,C5,C51,C65,C75,C79,D7
Chr7:30319731 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B2
Chr7:30319731 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B2
Chr7:30320684 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B82
Chr7:30320684 G GAA 2bp_insertion CDS_variant 1 B82
Chr7:30320687 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777505.1
154 aa
N
1
77
154
GLV1-2
C
PF21529 GLV1-2 105-147 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777505.1 Pfam PF21529 GLV1-2 Family 105 147 2.1e-06 29.3 Gloven 1/2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921522.1
TAGGGTTTCTGTGTAGTTGTTTTGGAACTCTGAATTTTGTGCTCTGTGTATGTTCTTGATACCCGTGTCTTTACCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTATAAATCCCAAGTTTCAGAAAGCAAAAACTGGAAAACAACTCAACTAAAAACCTTGTTGAATCCCGAGCTAGTCTTACTTATGGAATTGCTAACCCTAATGGTTTCATTACTACTAGCCATCTCATTTCTGTTATCACCCTGTGCTTCCGACCACCTCAATCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995989
ATGTTCTTGATACCCGTGTCTTTACCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTATAAATCCCAAGTTTCAGAAAGCAAAAACTGGAAAACAACTCAACTAAAAACCTTGTTGAATCCCGAGCTAGTCTTACTTATGGAATTGCTAACCCTAATGGTTTCATTACTACTAGCCATCTCATTTCTGTTATCACCCTGTGCTTCCGACCACCTCAATCTCAACAAACCTATTCAACAAGGTGATCATGCAAAGTTTGCTCCCATCAATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777505.1
MFLIPVSLPLSLSLCYKSQVSESKNWKTTQLKTLLNPELVLLMELLTLMVSLLLAISFLLSPCASDHLNLNKPIQQGDHAKFAPINLNHQTMKSSAEEETLQASSGTKQHEKEENVMNAAEKEEGPNKSEYFTMDYGWVKRRRPIHNKQIPFVP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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