当前解析结果
SmilChr07G002975| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002975 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002975 |
| 描述 | protein GOLVEN 6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 30319485 - 30320972 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995989 |
|---|---|
| GeneID | 130995989 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995989 |
| 原始查询 | SmilChr07G002975 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein GOLVEN 6-like |
| 产物 | protein GOLVEN 6-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF21529 (GLV1-2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995989 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057777505.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777505.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777505.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777505.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057777505.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:30319542 |
G |
GAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 15 | B103,B106,B107,B11,B131,B133,B16,B31,B50,B57,C2,C23,C43,D11,D4 |
Chr7:30319651 |
GTC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 21 | A1,A19,A3,B104,B111,B117,B121,B139,B41,B57,B6,B74,B75,B78,C20,C5,C51,C65,C75,C79,D7 |
Chr7:30319731 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B2 |
Chr7:30319731 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr7:30320684 |
G |
GAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B82 |
Chr7:30320684 |
G |
GAA |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr7:30320687 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777505.1PF21529
GLV1-2 105-147 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777505.1 |
Pfam | PF21529 |
GLV1-2 | Family | 105 | 147 | 2.1e-06 | 29.3 | Gloven 1/2 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。