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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002979

染色体: Chr07 坐标: 30362342-30363135 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002979
名称SmilChr07G002979
描述uncharacterized SmilChr07G002979
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向30362342 - 30363135 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994069
GeneID130994069
locus_tag-
NCBI NameLOC130994069
原始查询SmilChr07G002979

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994069

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775088.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057775088.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057775088.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775088.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775088.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:30362348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B5,D3
Chr7:30362362 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B104,B134
Chr7:30362362 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B134
Chr7:30362368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr7:30362371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C13,C38,C39
Chr7:30362410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C59
Chr7:30362455 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 21 A10,A20,A3,B105,B11,B117,B12,B122,B58,B6,B74,B77,B93,B97,C25,C26,C56,C72,C74,C81,D1
Chr7:30362468 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,C53,D10
Chr7:30362476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,B88
Chr7:30362487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B81
Chr7:30362491 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B131,B81
Chr7:30362491 G GC 1bp_insertion CDS_variant 2 B131,B81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919105.1
ATGATTTTTGATGGTAAGTTTGGGATATTCCCATTCACTACGGTTGAGCTGGCTGTTAGGAACAGCAAAAACAGATTGAAAGGGACGTTGGAAACAAAGCCAATTCAGGCAATCACAAAGGAAGTGAGCAAAGATGTTTTCATCAACCAAATTATTCCAACAATTAAGGCCAAGTGGCCTCGTGGTGCAAGCAGGCATATAATTATACAACAAGACAATGCAAAGCCCCACATTAAGGGTTCAGACCCTGACTTTGTAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994069
ATGATTTTTGATGGTAAGTTTGGGATATTCCCATTCACTACGGTTGAGCTGGCTGTTAGGAACAGCAAAAACAGATTGAAAGGGACGTTGGAAACAAAGCCAATTCAGGCAATCACAAAGGAAGTGAGCAAAGATGTTTTCATCAACCAAATTATTCCAACAATTAAGGCCAAGTGGCCTCGTGGTGCAAGCAGGCATATAATTATACAACAAGACAATGCAAAGCCCCACATTAAGGGTTCAGACCCTGACTTTGTAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775088.1
MIFDGKFGIFPFTTVELAVRNSKNRLKGTLETKPIQAITKEVSKDVFINQIIPTIKAKWPRGASRHIIIQQDNAKPHIKGSDPDFVAAATSDGFNNQLICQPPNSPDTNVNDLGFFRAIQSLQDDKLANCVDDLLKNVKDAFEELEPHKLNNVFLTLQGFYHEIIKCRGNNNYKIPHINKERLSRLGFLPECLEVEEQLVRDCLDELRQLQIEQGTIYNLDQLVDGLQQVVLMD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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