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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002987

染色体: Chr07 坐标: 30451789-30455093 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002987
名称SmilChr07G002987
描述phosphatidylinositol 4-kinase gamma 7-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向30451789 - 30455093 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995928
GeneID130995928
locus_tag-
NCBI NameLOC130995928
原始查询SmilChr07G002987

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylinositol 4-kinase gamma 7-like
产物phosphatidylinositol 4-kinase gamma 7-like
ArabidopsisAT2G03890 (PI4K GAMMA 7)
phosphoinositide 4-kinase gamma 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814915]
identity=68.2; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0283400
-
identity=63; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00454 (PI3_PI4_kinase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995928

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057777419.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057777419.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057777419.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777419.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777419.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:30453070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,C71,C73
Chr7:30453205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:30453256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B7,B93,C36,C5
Chr7:30453625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr7:30453730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr7:30454373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:30454440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,C11,C67,C69,C83
Chr7:30454446 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr7:30454648 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C80
Chr7:30454750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777419.1
631 aa
N
1
316
631
PI3_PI4_kinase
C
PF00454 PI3_PI4_kinase 172-420 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777419.1 Pfam PF00454 PI3_PI4_kinase Family 172 420 1.4e-44 153.6 Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921436.1
GTCAAGTAACGGTCAGAAGATTCGGAGAAGGGGCAAGAAAAAAAGAAAACAAAAAACCCAAAAAAATGATGAAATTAAAAATTAAATGTTCTTATATATACAGTTTGTATATCAATGTATTGATGAAGAGAGAAGAAGAATTCTAGAGAGAAGATAACACAGAGCAAGTAAGGAAGACGGTAATACTCCGATCAAATCGTTGCCGTTAGCCTTGTCGTTGTCCGTTGGATTGCTCGATTTCTTTCCAACATTTTCCTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995928
ATGTCGCGTAACTTGGACAGTCCTGTGCAGACCCAGATGGCTGTGGCAGCTTTCAAGAGTCCGCTTGGAAGTGGGGACTACCATGGGTCTAATGGGTTGGAAAGGAAATCTTCATTCTCGAGACGTGTTTTTGTACAGACCGAGACAGGCTGTGTGTTGGGGATGGAGTTGAACAGGAGTGACAATGTGAATACTGTGAAGAAGAGGTTGCAGCTTGCCCTAAATTTCCCCATTGAGGACAGCTCTTTGACATTTGGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777419.1
MSRNLDSPVQTQMAVAAFKSPLGSGDYHGSNGLERKSSFSRRVFVQTETGCVLGMELNRSDNVNTVKKRLQLALNFPIEDSSLTFGDMVLENDLSAIRNDSPLLLTRNLMHRSSSTPCLSPTGKDNQQRDQSGPIEILGHSIRFSKIKQLVKETIKAIKNGVDPIPAQGGLGGAYYFKNVRGDSVAIVKPTDEEPFAPNNPKGFVGKALGQPGLKRSVRVGETGFREVVAYLLDYDNFANVPPTALVKITHSIFNINDGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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