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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002997

染色体: Chr07 坐标: 30681722-30692713 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002997
名称SmilChr07G002997
描述DAR GTPase 2, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向30681722 - 30692713 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995960
GeneID130995960
locus_tag-
NCBI NameLOC130995960
原始查询SmilChr07G002997

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述DAR GTPase 2, mitochondrial-like
产物DAR GTPase 2%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT4G10650 (AT4G10650)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826658]
identity=52.5; qcov=1.01; evalue=6.12e-113; confidence=high
RiceOs10g0572000
-
identity=45.5; qcov=1.01; evalue=1.65e-89; confidence=high
GOGO:0003924 (GTPase activity); GO:0005739 (mitochondrion)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995960

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057777471.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057777471.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777471.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777471.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777471.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:30690221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C46
Chr7:30690256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr7:30690595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:30691177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B7,B93,C36,C5
Chr7:30691458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B84,C44
Chr7:30691467 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:30691865 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B11,C66
Chr7:30691865 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 B11,C66
Chr7:30691881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr7:30692233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:30692240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr7:30692295 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921488.1
AATATCCCTAACTTGCGTTTCTTCCCAGACTTAGCGCCGCTTCTTCATCTTTTTCATTCTTCTTCAGTTTTTTTCGTGGTTCTTCTCATTTGCGCTGCACTCACCTCTGAATTTCCTATGCTTTCACTCTCATTCTCTGTCTCATCAGCAACTTCTCTGTCTTCTGCCGGTCGTCGTCCGCCTCCTTCTTGTTGCCGTCGCCCATTTGGCTTCACCTCGGAAACTCCTCAGCAGGCTGCGACTACTTTGCCCCACTCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995960
ATGGCGGCAAGAGAGCGTGTATTTGGAGCCATTGGAAAATCAGTGAAGGCGGTGGCGAAAAGCAGAGGCTCCGAGTGGTGGTACACTCCTGATATGGCGGCCGCTGCCCGCGCCATAGAAGAGCGCATCCCACTCGTCGATCTTATTCTCGAAGTGAGAGATGCCCGGATTCCATTATCATCGGAATATTTGCAATTGAGGAAGATTCCTTCTGCTTGCCGAATCATTGTGCTGAATAAGGCGGACCTTGCTGATTGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777471.1
MAARERVFGAIGKSVKAVAKSRGSEWWYTPDMAAAARAIEERIPLVDLILEVRDARIPLSSEYLQLRKIPSACRIIVLNKADLADCSQTKFLTFLQARVRELKKKDDRMHLITLMLVGILNVRKSALANSLHQVGRIYAAEKGRLKHSVVTPQPGETKSICSLKIASHPNIFVLDTPSVLPPDVIDDEVCSKLVVTGAIKDSVAGEINLAEYFLSILNLGEEYKKWAKLSSSEAGVALTGDGSLSLGKKQKKLYPTDHTQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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