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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003003

染色体: Chr07 坐标: 30838038-30838700 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003003
名称SmilChr07G003003
描述uncharacterized SmilChr07G003003
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向30838038 - 30838700 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994078
GeneID130994078
locus_tag-
NCBI NameLOC130994078
原始查询SmilChr07G003003

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994078

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057775093.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057775093.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057775093.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057775093.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775093.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:30838045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,C65,C71,C73
Chr7:30838050 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 35 A1,A23,A3,A9,B109,B127,B129,B130,B14,B25,B41,B42,B43,B58,B72,B73,B75,B86,C11,C15,C26,C29,C30,C34,C39,C40,C46,C48,C55,C57,C65,C73,C77,D6,D8
Chr7:30838065 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 14 B107,B11,B28,B31,B32,B44,B73,B93,C18,C24,C49,C54,C79,C84
Chr7:30838068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr7:30838080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:30838081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr7:30838085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr7:30838162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B10,D10
Chr7:30838164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B10,B114,C52
Chr7:30838170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr7:30838179 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B85
Chr7:30838179 GGC G 2bp_deletion CDS_variant 1 B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919110.1
ATGGTGCGCGAGAGCAAGGCGCTGGGCAGCGCTGGGCATGAGGCAGCGCTGACGGGTGCGGTTGGCGGGGCTCGCAGCGCTGGCATGTGGCGTGTGGCTGAGCGGTGCGGGGTGCTGGCGGTTGGCGGGTGGGCTGGGCGGGGCGTGGCTGGGCGGGGCGTGTCTGGGCGGGGTGGCAGCGCTGGCGGGGGCGTGGCTGGGTGGTCTTGGCGGCTGGCAGCGCTGGCAGCGCTGGTGTGGCTGGGCGGGCTTGGCGGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994078
ATGGTGCGCGAGAGCAAGGCGCTGGGCAGCGCTGGGCATGAGGCAGCGCTGACGGGTGCGGTTGGCGGGGCTCGCAGCGCTGGCATGTGGCGTGTGGCTGAGCGGTGCGGGGTGCTGGCGGTTGGCGGGTGGGCTGGGCGGGGCGTGGCTGGGCGGGGCGTGTCTGGGCGGGGTGGCAGCGCTGGCGGGGGCGTGGCTGGGTGGTCTTGGCGGCTGGCAGCGCTGGCAGCGCTGGTGTGGCTGGGCGGGCTTGGCGGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775093.1
MVRESKALGSAGHEAALTGAVGGARSAGMWRVAERCGVLAVGGWAGRGVAGRGVSGRGGSAGGGVAGWSWRLAALAALVWLGGLGGLAALAALAWLGRLSGLACALTGVAGSAGRVRVAVLAALTGWAAVGGWAGRFRVCGVDGCVAGRGGWQRWRVAVWLGRLSGCAERAGSADGSGWRRCWQRWRVAALTGAWLGGLGGLAALAGGSADGGVAGRAGA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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