Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003013`

染色体: Chr07 坐标: 31018446-31019024 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003013`
名称	SmilChr07G003013
描述	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	31018446 - 31019024 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994081`
GeneID	`130994081`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994081`
原始查询	`SmilChr07G003013`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like
产物	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994081

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775097.1`
2	Chromosome	染色体	1.00000	`XP_057775097.1`
3	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057775097.1`
4	Nucleolus	核仁	0.40000	`XP_057775097.1`
5	Nucleolus rim	Nucleolus rim	0.40000	`XP_057775097.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:31018539`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	29	A7,B11,B111,B124,B126,B127,B136,B18,B2,B34,B35,B39,B56,B61,B71,B79,C14,C20,C3,C37,C44,C51,C52,C6,C62,C73,C76,D2,D5
`Chr7:31018574`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B65,B67,B74
`Chr7:31018586`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B24,B54,C13
`Chr7:31018600`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A9
`Chr7:31018615`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr7:31018632`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B69
`Chr7:31018632`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr7:31018641`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	14	A16,A23,B107,B128,B130,B131,B15,B27,B7,B73,B85,B94,C2,C5
`Chr7:31018657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C73,C76
`Chr7:31018702`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B105
`Chr7:31018709`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B71
`Chr7:31018739`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919114.1
ATGGCAAAAACCAAAGGAGAAACGGGCTCCGGAAGCACCCAACCACCGAAAGGAAAGAGTACCAAACCCCCACCTCCGAAGCGGTCTACGAGGCGAACCACCTCGGAGAAGACTTCTACCAAAGTCACGGAAGACCCCTTGCTGACTATTCAGTCCAAGGACAGAGGACGCACTGAAGTCCTACAACAAGAGAAACAAGAGGTCGCAAGAGCAGCCGCCGAGTCAAAACAACCGGAGAAGCCGAAAGAAGAGGAGCCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994081
ATGGCAAAAACCAAAGGAGAAACGGGCTCCGGAAGCACCCAACCACCGAAAGGAAAGAGTACCAAACCCCCACCTCCGAAGCGGTCTACGAGGCGAACCACCTCGGAGAAGACTTCTACCAAAGTCACGGAAGACCCCTTGCTGACTATTCAGTCCAAGGACAGAGGACGCACTGAAGTCCTACAACAAGAGAAACAAGAGGTCGCAAGAGCAGCCGCCGAGTCAAAACAACCGGAGAAGCCGAAAGAAGAGGAGCCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775097.1
MAKTKGETGSGSTQPPKGKSTKPPPPKRSTRRTTSEKTSTKVTEDPLLTIQSKDRGRTEVLQQEKQEVARAAAESKQPEKPKEEEPELTPPIKKSKKAQTGKATPARSIIAPPPVQAQPQPLPRIRKKKKKKKKKKKNKRRRKRRRLKKERELRPFKRRRWKSRHHKARGQELKGSSMLRSLHCALRPDQHR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器