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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003015

染色体: Chr07 坐标: 31135980-31139877 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003015
名称SmilChr07G003015
描述WPP domain-interacting tail-anchored protein 2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向31135980 - 31139877 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995927
GeneID130995927
locus_tag-
NCBI NameLOC130995927
原始查询SmilChr07G003015

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WPP domain-interacting tail-anchored protein 2
产物WPP domain-interacting tail-anchored protein 2
ArabidopsisAT1G68910 (WIT2)
WPP domain-interacting protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843224]
identity=44.9; qcov=0.766; evalue=3.74e-130; confidence=medium
RiceOs05g0241000
-
identity=32.8; qcov=0.954; evalue=1.25e-79; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF26581 (WIT1_2_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995927

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057777417.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057777417.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057777417.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057777417.1
5 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057777417.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:31137259 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 26 A21,A6,A8,B114,B115,B124,B128,B132,B17,B19,B20,B27,B5,B60,B62,B86,B99,C11,C25,C28,C33,C46,C52,C69,C75,C80
Chr7:31137415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B103,B124,C61
Chr7:31137443 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 5 A6,B17,B5,C69,C80
Chr7:31137443 GT G 1bp_deletion CDS_variant 5 A6,B17,B5,C69,C80
Chr7:31137617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B26,B5,C59,D3
Chr7:31137623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,C11,C67,C83
Chr7:31137907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr7:31137984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B5,C59,D3
Chr7:31138123 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 A21,B101
Chr7:31138123 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:31138213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B26,B5,C59,D3
Chr7:31138327 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B33,B48,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777417.1
697 aa
N
1
348
697
WIT1_2_N
C
PF26581 WIT1_2_N 33-166 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777417.1 Pfam PF26581 WIT1_2_N Domain 33 166 1.4e-44 151.9 WIT1/2, N-terminal helical bundle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921434.1
TTTGTTTTAGTAGCAATATTATTATTACAGACTAAAATTCCATGATTAGTTAACAAGATCTAAACAAAGTTCACTTCTGTCAGAATTTTATTGCCTGCTAATACAGCCGCTACTGTTTACTGCTCCACCAACAAGTCGGTGAAGTTGACTTCTCAGGTCCACACGCACCCACGGCGCATGTTAGCAGCTAGCCAAGATCCACAAGACTCCGATAGCTCCGGAGTTGCCCGTGCGCTAAACCAACGGTTGTCGACGAATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995927
ATGGTTAATAATGGCATGGCGACTATTACATCTGATATCGGTGATCCAGACGACATGCAAAAGTTCTTGCACACCTCTGAGGGTGATGACGGGGCATTGCAGAATGCCATGAAAGTGTTGTCTGAAGTTGATACGAACTTAGCACACTCTTCTGAGAAGTTAGCAAACCTGGAGAATCTTCTACTGCATGTTTTAGCTGTGGAAAATGATATCGAAGCTATCAATTTCGGGGATGATAACATCTCTGCAGAATTTGTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777417.1
MVNNGMATITSDIGDPDDMQKFLHTSEGDDGALQNAMKVLSEVDTNLAHSSEKLANLENLLLHVLAVENDIEAINFGDDNISAEFVEKAFTFDLLYAILNFELRGLDNLMAGLQDLTVDALNKMSSSEHSTEVAGKLHDSENVLKRSHDQILGIKIQLAKLQMTSFIFKKSEYKHDWDLGVKEELHLATAEWKPQMRIVEQRRVLRMLEISLAREVELEKKLMEVRQNEEDFKSKICLREQVAVGMEEAAEAAWGSFLEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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