当前解析结果
SmilChr07G003015| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003015 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003015 |
| 描述 | WPP domain-interacting tail-anchored protein 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 31135980 - 31139877 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995927 |
|---|---|
| GeneID | 130995927 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995927 |
| 原始查询 | SmilChr07G003015 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | WPP domain-interacting tail-anchored protein 2 |
| 产物 | WPP domain-interacting tail-anchored protein 2 |
| Arabidopsis | AT1G68910 (WIT2)WPP domain-interacting protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843224] identity=44.9; qcov=0.766; evalue=3.74e-130; confidence=medium |
| Rice | Os05g0241000- identity=32.8; qcov=0.954; evalue=1.25e-79; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF26581 (WIT1_2_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995927 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.60000 | XP_057777417.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057777417.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057777417.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057777417.1 |
| 5 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057777417.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:31137259 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 26 | A21,A6,A8,B114,B115,B124,B128,B132,B17,B19,B20,B27,B5,B60,B62,B86,B99,C11,C25,C28,C33,C46,C52,C69,C75,C80 |
Chr7:31137415 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,B103,B124,C61 |
Chr7:31137443 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | A6,B17,B5,C69,C80 |
Chr7:31137443 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | A6,B17,B5,C69,C80 |
Chr7:31137617 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B2,B26,B5,C59,D3 |
Chr7:31137623 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A4,C11,C67,C83 |
Chr7:31137907 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D10,D11 |
Chr7:31137984 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B26,B5,C59,D3 |
Chr7:31138123 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | A21,B101 |
Chr7:31138123 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | A21,B101 |
Chr7:31138213 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B2,B26,B5,C59,D3 |
Chr7:31138327 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B33,B48,D5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777417.1PF26581
WIT1_2_N 33-166 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777417.1 |
Pfam | PF26581 |
WIT1_2_N | Domain | 33 | 166 | 1.4e-44 | 151.9 | WIT1/2, N-terminal helical bundle |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。