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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003021

染色体: Chr07 坐标: 31251447-31251920 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003021
名称SmilChr07G003021
描述uncharacterized SmilChr07G003021
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向31251447 - 31251920 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994087
GeneID130994087
locus_tag-
NCBI NameLOC130994087
原始查询SmilChr07G003021

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=31; qcov=0.924; evalue=3.85e-22; confidence=low
RiceOs09g0268800
-
identity=25.4; qcov=0.854; evalue=2.13e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994087

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057775104.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057775104.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775104.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775104.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775104.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:31251479 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B10,B2,B37,C3,C34,C43,D10,D2
Chr7:31251511 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B7,B93,C36,C5
Chr7:31251522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B31,B50,B52,C27,C56
Chr7:31251589 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr7:31251590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B7,B93,C36,C5
Chr7:31251594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B7,B93,C36,C5
Chr7:31251621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B53,C64,D4,D6
Chr7:31251625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr7:31251626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B44,C19,C31,C35
Chr7:31251629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C84
Chr7:31251644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B7,B93,C36,C5
Chr7:31251660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919121.1
ATGCCGAAGGGCAAGGGCTACTATACGTTGAAATTTCATTCTAGTGAGGACAAGGCTATTGCGAAGTCGCAGCTGATCTGGCAGCTTTCAACCGGATCTTTACGTCTCCGGGAGTGGGTAAGGTATTTCAATCCTTACAAGGAATCTTCTTCTCTGGCGCAAGTCTGGGTTCGTATATATTATTTACTTGTTGAGTTCTGGCATCCGGAGGTTTTATCCGGGATTGGGCGATGGCTGGGGCAGCCGCTAAAGATAGATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994087
ATGCCGAAGGGCAAGGGCTACTATACGTTGAAATTTCATTCTAGTGAGGACAAGGCTATTGCGAAGTCGCAGCTGATCTGGCAGCTTTCAACCGGATCTTTACGTCTCCGGGAGTGGGTAAGGTATTTCAATCCTTACAAGGAATCTTCTTCTCTGGCGCAAGTCTGGGTTCGTATATATTATTTACTTGTTGAGTTCTGGCATCCGGAGGTTTTATCCGGGATTGGGCGATGGCTGGGGCAGCCGCTAAAGATAGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775104.1
MPKGKGYYTLKFHSSEDKAIAKSQLIWQLSTGSLRLREWVRYFNPYKESSSLAQVWVRIYYLLVEFWHPEVLSGIGRWLGQPLKIDGNSIDDEVAQYARIFVEIDLAQPLAESMVIDGGDYYFNIDLSYEYIPLYCTKCKIVGHSVDRCRKGKKVEK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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