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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003054

染色体: Chr07 坐标: 31889943-31893947 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003054
名称SmilChr07G003054
描述myosin-binding protein 2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向31889943 - 31893947 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995922
GeneID130995922
locus_tag-
NCBI NameLOC130995922
原始查询SmilChr07G003054

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述myosin-binding protein 2
产物myosin-binding protein 2
ArabidopsisAT1G70750 (AT1G70750)
myosin-binding protein (Protein of unknown function, DUF593) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843412]
identity=45.5; qcov=0.575; evalue=6.72e-101; confidence=medium
RiceOs03g0259900
-
identity=50.9; qcov=0.467; evalue=6.18e-106; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0017022 (myosin binding)
KEGG-
PfamPF04576 (Zein-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995922

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057777403.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057777403.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057777403.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777403.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777403.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:31890384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:31890451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:31890478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:31890608 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,B86
Chr7:31890789 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:31891092 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:31891251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:31891427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr7:31892014 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B26,B81,D11
Chr7:31892156 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr7:31892165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C10,C14,C25
Chr7:31892480 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A13,A18,B66,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777403.1
921 aa
N
1
460
921
Zein-binding
C
PF04576 Zein-binding 562-652 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777403.1 Pfam PF04576 Zein-binding Coiled-coil 562 652 1.6e-31 109.2 Zein-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921420.1
ACAATATTTCGTTTCCTTTTATTACGATTTATTTCCATGTTTAATTTTATATACAAATAATAAAAAAAATGTGATCGTCGTCAAAAGTGTGAAGGCTCCGCTGCTTTACCAACATTCTTTAATCCGTTTTTTTTAGGAAAAAAAAAATCTTTAATCCGTCGCTTAATTTCTTTTGCTTCTTTTCTAAAGTTGCAAGTCTTCTTTGGCTGTCGCATTGTTCAAACCGCCCATTTTCTCATTTCTCATATTAACCCAAATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130995922
ATGGCTGCAAACAGATTTGCAACGATGTTGCACAGAAACACCAACAAAATCACAGTGATTCTCATCTACGCAGTGCTGGAATGGATTCTGATCTTCCTCCTCCTGTTGAACTCCCTCTTTTCCTACATGATCATCAAATTCGCGGAGTTCTTCGGGCTGAAGCCGCCGTGCTTGTGGTGCACGAGAATCGATCACGTTTTGGATCCCGTGAAAGGGGACAGGAACATGCACCGGGATCTTCTCTGCGAAGCCCACTGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777403.1
MAANRFATMLHRNTNKITVILIYAVLEWILIFLLLLNSLFSYMIIKFAEFFGLKPPCLWCTRIDHVLDPVKGDRNMHRDLLCEAHCKEVSRLGYCSNHRKLVDSEAMCEDCLSSRPELGGSSKNFAVFPWMKGFGVMQKGVETIGENCGVSLNCCCCGVCLDDGAKYSPYILLKTSSWDVLECAHKENLIIGDDRVEQGFDDSTEKILDSSADEKVEIDGNSEADEDEAVCVSADFDEPKSLENEVLRERETVEEEKSIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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