Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003063`

染色体: Chr07 坐标: 32038900-32041591 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003063`
名称	SmilChr07G003063
描述	lignin-forming anionic peroxidase-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	32038900 - 32041591 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995964`
GeneID	`130995964`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995964`
原始查询	`SmilChr07G003063`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lignin-forming anionic peroxidase-like
产物	lignin-forming anionic peroxidase-like
Arabidopsis	`AT1G14550` (AT1G14550) Peroxidase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838017] identity=60.8; qcov=0.972; evalue=1.75e-135; confidence=high
Rice	`Os03g0434800` - identity=51.8; qcov=0.991; evalue=1.33e-108; confidence=high
GO	GO:0004601 (peroxidase activity); GO:0006979 (response to oxidative stress); GO:0020037 (heme binding); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process)
KEGG	smil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00141 (peroxidase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995964

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057777474.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057777474.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777474.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777474.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777474.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:32039043`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B36,C19,D1
`Chr7:32039105`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B36,C19,D1
`Chr7:32039149`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,C27,C58
`Chr7:32039201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr7:32039433`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	46	A13,A18,A19,A20,A4,A7,B106,B114,B12,B125,B127,B129,B130,B135,B20,B30,B31,B33,B37,B38,B39,B53,B65,B67,B75,B77,B89,C11,C16,C32,C33,C53,C54,C6,C67,C68,C69,C75,C79,C80,C81,C86,D3,D5,D6,D9
`Chr7:32039448`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr7:32039460`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:32039536`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	A22,B110,B113,B47,B91,C24,C52,C59,C9,D10
`Chr7:32040660`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B106
`Chr7:32040660`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B106
`Chr7:32040709`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr7:32040800`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B34,B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777474.1

318 aa

159

318

peroxidase

PF00141 peroxidase 42-281 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777474.1`	Pfam	`PF00141`	peroxidase	Domain	42	281	4.8e-84	282.6	Peroxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921491.1
TCAAGTAAAGCATCTGCATCGATCTTACATTAGTCTTAAAATCTTGTTAAAATGAAGAGCTTCTTCAACCTCATGCACACTATATCTATCCTGCTCTTGCTCAACGGCATTGCATGCGAAGCAAAACTATCGACGAAGTTCTACGACGGCAGATGCAGGGACGCCGCCGCCATAATCCGCAAGAGCATCGAGAAAGCGGTCTCCCGCGAGCGGCGCATGGCGGCGTCCCTCATCCGCCTCCACTTCCACGACTGCTTCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995964
ATGAAGAGCTTCTTCAACCTCATGCACACTATATCTATCCTGCTCTTGCTCAACGGCATTGCATGCGAAGCAAAACTATCGACGAAGTTCTACGACGGCAGATGCAGGGACGCCGCCGCCATAATCCGCAAGAGCATCGAGAAAGCGGTCTCCCGCGAGCGGCGCATGGCGGCGTCCCTCATCCGCCTCCACTTCCACGACTGCTTCGTGCAGGGCTGCGACGCCTCAATCCTGCTGGACGAGACCGATACTATTCAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777474.1
MKSFFNLMHTISILLLLNGIACEAKLSTKFYDGRCRDAAAIIRKSIEKAVSRERRMAASLIRLHFHDCFVQGCDASILLDETDTIQSEKAAVPNANSVRGYNIIEAAKRDVERACPGVVSCADILTLAARDASVAVGGPWWNVRLGRRDSTTANRSQAETDLPSPFVHLNTLISAFAIKGLNARDMVALSGAHTIGQAQCFLFRDRIYSNGSDVDAGFATTRRRRCPRNGGDGNLAALDLATPDWLDNNFFNNLIERKGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器