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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003124

染色体: Chr07 坐标: 33155425-33156318 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003124
名称SmilChr07G003124
描述uncharacterized SmilChr07G003124
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向33155425 - 33156318 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994112
GeneID130994112
locus_tag-
NCBI NameLOC130994112
原始查询SmilChr07G003124

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994112

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775131.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057775131.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775131.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775131.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775131.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:33155432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,C40,C51
Chr7:33155442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C67
Chr7:33155454 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 15 B16,B49,B56,B58,B69,B74,B95,C19,C38,C4,C41,C43,C60,C72,D1
Chr7:33155462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B43,B8
Chr7:33155478 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A21,B101,B35
Chr7:33155478 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B101,B35
Chr7:33155523 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B16,C25
Chr7:33155523 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,C25
Chr7:33155538 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 77 A13,A2,A21,A23,A3,A4,A5,A8,B1,B104,B105,B106,B109,B112,B122,B127,B132,B138,B28,B29,B30,B32,B33,B35,B36,B49,B53,B55,B56,B59,B62,B64,B65,B67,B69,B76,B83,B86,B90,B92,B93,B96,B97,C12,C13,C16,C17,C18,C25,C28,C29,C30,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C43,C48,C49,C5,C53,C57,C58,C60,C63,C67,C71,C78,C79,C80,C84,D1,D6,D9
Chr7:33155576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr7:33155605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B49,C40,C43
Chr7:33155683 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B36,B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919148.1
ATGTACACTGAGGGCATCAAGTGCCGAATATTCTCCACTACGCTGACTGGCCCCGCCCAGCTGTGGTTTGGGACGCTTGCCCCAAATTCCATCCGTTCGTTTGAAGAATTACAAGTGCGTTTTATGAGACTATTCGCGAGCTCGCGAAGGGTAGGGAAGTCAGCTCTTTCACTGATGGACATCAAGCAGGATCAAAATGAAACACTACGGGAGTACACTGCCAGGTTCAATCTCGCTGCTCTGGAGGTGCCAGAGGCGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994112
ATGTACACTGAGGGCATCAAGTGCCGAATATTCTCCACTACGCTGACTGGCCCCGCCCAGCTGTGGTTTGGGACGCTTGCCCCAAATTCCATCCGTTCGTTTGAAGAATTACAAGTGCGTTTTATGAGACTATTCGCGAGCTCGCGAAGGGTAGGGAAGTCAGCTCTTTCACTGATGGACATCAAGCAGGATCAAAATGAAACACTACGGGAGTACACTGCCAGGTTCAATCTCGCTGCTCTGGAGGTGCCAGAGGCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775131.1
MYTEGIKCRIFSTTLTGPAQLWFGTLAPNSIRSFEELQVRFMRLFASSRRVGKSALSLMDIKQDQNETLREYTARFNLAALEVPEAESQIKNCAYVRGLKPGLFFDELQIRPARDFDNIMARLPGYLQLEDARMARKAENDKHKAKKAEDALERNNKNQDMALFRGLPPRVPPPQTEVPPCQQHTINEVNRLAECTPLNKPQEEIFHLIKNQPFFRAPGNYRDGQPRQGPNNKLCEYHNSYGHYTKHCGHLKHQLEYLVR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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