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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003138

染色体: Chr07 坐标: 33269941-33271474 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003138
名称SmilChr07G003138
描述uncharacterized SmilChr07G003138
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向33269941 - 33271474 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996093
GeneID130996093
locus_tag-
NCBI NameLOC130996093
原始查询SmilChr07G003138

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述OspPLAIItheta; symbol=OspPLAIItheta; hit=Os11g0614400; species=rice; confidence=medium
产物OspPLAIItheta; symbol=OspPLAIItheta; hit=Os11g0614400; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT4G37050 (PLP4)
PATATIN-like protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829859]
identity=52.1; qcov=0.477; evalue=6.14e-24; confidence=medium
RiceOs11g0614400 (OspPLAIItheta)
-
identity=49; qcov=0.508; evalue=3.11e-25; confidence=medium
GOGO:0004620 (glycerophospholipase activity); GO:0047372 (monoacylglycerol lipase activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996093

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057777603.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057777603.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057777603.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777603.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777603.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:33271220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921620.1
GGATATTCACTCAAGCAGGTGCAGATATGGTCGACTTTCACATTTCTCAGATTTTTCAAGCTCTTGGCTCCCAAGATAATTACCTAAGGATCCAGAACGATACTCTAGATGGGGTCGAGAATTCAGTGGATGTTGCAACAAAAGAGAACTTGCATAAACTTGTCACAATTGCTCAAGAAATGCTGGCTAAACCGGTTTCCCGGGTCGACTTGAGATCCGGTCTAACTGTGCCGCTCCTAGATGGTGGAACCAATCAGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996093
ATGGTCGACTTTCACATTTCTCAGATTTTTCAAGCTCTTGGCTCCCAAGATAATTACCTAAGGATCCAGAACGATACTCTAGATGGGGTCGAGAATTCAGTGGATGTTGCAACAAAAGAGAACTTGCATAAACTTGTCACAATTGCTCAAGAAATGCTGGCTAAACCGGTTTCCCGGGTCGACTTGAGATCCGGTCTAACTGTGCCGCTCCTAGATGGTGGAACCAATCAGGAAGCTCTTAAAAGGTTTGCGTATTTATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777603.1
MVDFHISQIFQALGSQDNYLRIQNDTLDGVENSVDVATKENLHKLVTIAQEMLAKPVSRVDLRSGLTVPLLDGGTNQEALKRFAYLLSNERKVRVWKNNVEKKRAIPFGGCEALQHSWNTLVDFARAVSDETKVVFSKHAQILRPGSQFRINPTPIEKWNGGFSSVQKKLIMKSTFAPSPIFTPHFKLFCNSSLSSW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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